实验室检查
1.粪便常规 ：将粪便涂片镜检，若发现革兰阳性杆菌及其芽孢将对临床判断很有帮助，随后可进行分阶段细菌培养，检查有无大量革兰阳性菌。
2.细菌学检查：90%的病例在发病时粪便中可培养到难辨梭状芽孢杆菌，送检时为了减少与空气的接触，必须采取至少多于容器容量的新鲜粪便，连同容器送检验，取CCFA专用培养基(由环丝氨酸，噻吩甲氧头孢霉素，果糖和蛋白质琼脂组成) 接种，在厌氧条件下有选择性的分离难辨梭状芽孢杆菌，若菌落呈扁平，边缘不规则，粗糙状，革兰染色为阳性杆菌即可作出诊断。
3.细胞毒素的毒性实验：稀释的大便或细菌培养滤液，对组织培养细胞(HELA)有特异性的细胞病理效应，这种效应可被污泥梭状芽孢杆菌的抗毒素中和，从而证实难辨芽孢杆菌为产毒菌株。
4.毒素A的检测：可以用对流免疫电泳，酶联免疫吸附实验，乳胶凝集实验，单克隆抗体方法等检查毒素A。
影像学检查
1.结肠镜检：假膜性肠炎同时侵犯结肠，尤其是乙状结肠可借助结肠镜进行检查，国内有报道应用纤维结肠镜检查了16例假膜性肠炎的患者，其中有14例在直肠和乙状结肠部位发现了病变，典型的表现为黏膜发红水肿，上面有斑块或融合的假膜，活检可见黏膜有急性炎症，假膜内含有坏死上皮，纤维蛋白，炎性细菌等，应用纤维结肠镜检查时要掌握病程进展的阶段，肠炎尚未形成假膜或局部的假膜已经脱落时镜下未必能发现假膜，所以不一定以假膜为唯一的诊断根据，未见假膜并不一定能排除本病，假膜性肠炎病变可以呈跳跃式分布，为了防止遗漏小的病变，要求镜检的范围必须包括全结肠，在有代表性部位采取病变组织，采取活检时要有一定的深度。
2.腹部X线平片：常有肠黏膜增厚，小肠胀气，部分肠麻痹病人表现为肠梗阻，钡灌肠可能发现肠管边呈毛刷状，指压迹症和散在的圆形，不规则形充盈缺损，气钡双重造影可提供更多的诊断指标，但必须小心操作防止肠穿孔的发生。
3.超声诊断：超声能发现局部肠壁假膜，黏膜及黏膜下水肿导致的重度增厚，肠腔变窄或消失，仔细探查可于右下腹发现似肠结核或肿瘤的假肾征，条件好的超声诊断仪还能更准确地分辨病变相关的层次，除此之外，超声诊断能发现疾病伴发的腹水等。
4.CT诊断：CT的表现不具有特异性，偶可发现低衰减的增厚的肠壁。
