一般实验室常规检查正常，当合并感染时，尿检白细胞增多，男性尿道下裂性染色质应为阴性，性染色体为XY，尿内17-酮类固醇正常，性腺活检为睾丸。
1.17酮类固醇检查： 尿内17酮类固醇升高，即可说明肾上腺皮质增生，则女性假两性畸形的可能性最大，若尿内17酮类固醇正常，尚不能排除女性假两性畸形的可能性，需进一步检查。
2.性染色质(sex chromatin)检查 ：常用口腔黏膜上皮，阴道黏膜上皮，皮肤或白细胞，经特殊染色后检查，在细胞核膜的内面，有染色质团突起，直径0.5～1.0µm，呈鼓槌状，称为性染色质，在男女之间有明显差别(因所用染色的方法不同，检查的细胞不同，所以常数亦不相同)，女性性染色质阳性在10%以上(称为阳性)，而男性在5%以下(称为阴性)，临床上用来鉴别性别，性染色质为阳性，即可否定尿道下裂，肯定为女性假两性畸形或真性两性畸形，性染色质为阴性，尚不能肯定尿道下裂，还应进一步与真性两性畸形相鉴别。
3.性染色体检查： 有条件时，最好行性染色体检查，它比性染色质检查更为可靠，若为XX，则肯定为女性，可排除尿道下裂，若为XY，除有尿道下裂的可能外，尚需进一步与真性畸形相鉴别。
4.腹部B超： 检查有无卵巢，子宫等。
5.内镜检查 ：在后尿道看到阴道窝，表明有女性生殖道存在;看到精阜，表明为男性生殖道，如二者均存在，则表明除了有尿道畸形外，同时有生殖道畸形存在，则需继续进行检查。
6.剖腹探查及性腺活检： 通过上述检查，若17酮类固醇正常，性染色质为阴性，性染色体为XY时，需行剖腹探查及性腺活体组织检查，才能与真性两性畸形相鉴别。
