1.脑脊液：压力增高，外观微混或淡黄色，蛋白含量轻～中度升高，细胞数增多，多在 100×106/ L左右，以淋巴细胞为主，氯化物及葡萄糖多降低，脑脊液涂片墨汁染色可直接发现隐球菌，菌体呈圆形，无核，荚膜染色较淡，为双层反光圈，菌体大小不一，可见颗粒状物质，出芽菌体呈葫芦状或哑铃状。
早期脑脊液检查，不论常规，生化，细胞学均有95%以上异常，主要表现为炎症性变化，虽然与结核性脑膜炎有相似的变化，但99%可从首次腰穿脑脊液中查出隐球菌，或新型隐球菌反向乳胶凝集试验呈阳性，强阳性反应，因此，脑脊液检查是隐脑确诊的重要依据。
2.免疫学检查：乳胶凝集(LA)试验：可检测感染早期血清或脑脊液中隐球菌多糖荚膜抗原成分，此方法较墨汁染色具有更高的特异性和敏感性，脑脊液检测阳性率可高达99%，若抗原阳性滴度>1∶8，即可确诊为活动期隐球菌脑膜炎，且其滴度与感染程度多呈正比，有人认为新型隐球菌抗原酶联免疫测定比LA更快速，更优越。
影像学检查：颅脑CT缺乏特异性，40%～50%显示正常，其阳性率与病程的不同阶段有关，病程越长，阳性率越高，可见脑室扩大，脑积水，脑膜强化及脑实质内不规则大片状，斑片状或粟粒状低密度影，少数显示小梗死灶或出血灶，颅脑MRI可显示脑实质内T1呈低信号，T2高信号的圆形或类圆形肿块，血管周围间隙扩大，部分呈多发粟粒状结节样改变。
