1.病原学检测
(1)涂片检测衣原体包涵体：近年有报告用Papanicolaon染色法检测沙眼衣原体包涵体，敏感性83%，方法简便，是最常用的筛选方法，可用于高危人群的筛选。
(2)细胞培养法：认为是检测沙眼衣原体的金标准，但费时，且要求一定的设备技术条件，难作为临床常规检测手段。
2.分子生物学方法 原位杂交法检测宫颈或直肠活检标本中沙眼衣原体DNA。亦可用PCR法检测，可明显提高检测敏感性，且可用于鉴定其种及血清型，可用于诊断、疗效判断及流行病学调研，此方法检出率高于其他方法。亦有报告用热启动聚合酶链反应(hot start PCR，HSPCR)，可明显降低非特异性扩增，减少假阳性反应。
PCR法可用于本病的诊断，亦可用于治疗后疗效的评价，但须注意在停药后疗效随访时，发现有的用直接免疫荧光法查抗原已为阴性，但PCR法仍为阳性，可能为残留部分病原DNA于体内，不表示有病原体存在。
