因病原不同而异。一般应根据流行学史和临床表现初步加以判断。进一步确诊需依赖实验室检查。细菌性肠炎可作呕吐物及大便培养，获得病原菌即可确诊。有些病原菌如沙门氏菌感染可作血培养。病毒性胃肠炎可用电子显微镜、免疫电镜、免疫荧光及血清学检查如补体结合试验、酶联免疫吸附法及放射免疫法等检查病毒的抗原和抗体。也可用组织培养法分离病毒。寄生虫性肠炎可直接镜检，寻找病原体及其虫卵。真菌性肠炎可从大便中直接涂片，在显微镜下检查真菌或作大便真菌培养。
(1)放射学钡剂检查：急性期一般不宜作钡剂检查。而特别注意的是重度溃疡性结肠炎在作钡灌肠时，有诱发肠扩张与穿孔的可能性。一般情况下，临床有症状时只用刺激性不大的缓泻剂，以免诱发急性发作。静止期时应常规操作肠道准备。钡灌肠对本病的诊断和鉴别诊断有重要价值。常规钡灌肠X线检查可见：①轻度溃疡性结肠炎病人，X线检查阴性，中度和重度患者则有典型表现。②结肠壁边缘呈小锯齿状突出的钡影及铁轨样皱襞相。③充盈缺损，假息肉形成，少数病例因结肠壁纤维化及息肉增生，可致肠腔变窄。④结肠袋消失或变浅，结肠缩短僵直，甚至如水管样。⑤雪花征：由于微小溃疡及糜烂而附着钡剂，钡斑点，气钡双重造影显示如雪花。⑥排钡异常。⑦直肠后间隙增大达2cm以上，表示直肠与直肠后组织有严重炎症。⑧应注意结肠癌的有无。
(2)内窥镜检查：临床上多数病变在直肠和乙状结肠，采用乙状结肠镜检查很有价值，对于慢性或疑为全结肠患者，宜行纤维结肠镜检查。一般不作清洁灌肠，急性期重型者应列为禁忌，以防穿孔。内窥镜检查有确诊价值，通过直视下反复观察结肠的肉眼变化及组织学改变，既能了解炎症的性质和动态变化，又可早期发现癌前病变，能在镜下准确地采集病变组织和分泌物以利排除特异性肠道感染性疾病。
