并发症罕见。主要可引起胆囊慢性炎，罕见胆囊穿孔、内瘘等并发症。
有报道发现胆囊囊肿过大压迫周围脏器如肝脏、肠管引起肝功能受损，不完全性肠梗阻的例子。
另外，胆囊囊肿是否由于长期反复慢性刺激导致胆囊癌变目前还鲜有报道。
