慢甲炎病人常常合并其他自身免疫病，如干燥综合征，类风湿关节炎，糖尿症，恶性贫血，系统性红斑狼疮，肾上腺皮质功能低减，特发性卵巢功能低减和慢性活动性肝炎等，如病程迁延发展，几年后可出现甲减，表现为甲状腺萎缩，黏液性水肿，心率缓慢，全身酸痛，乏力，不爱活动，皮肤粗厚等。
