窒息时缺氧，并非只限心肺，而是全身性的多脏器受损，严重者往往伴有并发症。
1、脑：缺氧缺血性脑病（hypoxia ischemicencephalopathy，HIE）是新生儿窒息后的主要并发症，由于窒息缺氧时血脑屏障受累，血浆蛋白和水份经血管外渗引起脑水肿，肿胀的细胞压迫脑血管，使血流量减少，造成组织缺血加重缺氧，最终导致脑组织神经元坏死，在缺氧时还常伴有高碳酸血症，导致pH下降，脑血管调节功能紊乱，动脉血压降低，引起供血不足，造成脑白质梗塞，离心脏最远的脑室周围大脑前，中，后动脉供血终末端的白质如旁矢状区可发生血管梗塞，白质软化，故HIE是缺氧，缺血互为因果的病变，临床诊断依据和分度标准（1989年济南会议）为：
（1）具有明确的围产期缺氧史，特别是围生期重度窒息（Apgar评分1分钟＜3分，5分钟＜6分，或经抢救10分钟后始有自主呼吸；或需用气管内插管正压呼吸2分钟以上者）。
（2）生后12小时内出现以下异常神经症状：意识障碍，如过度兴奋（肢体颤抖，睁眼时间长，凝视等），嗜睡，昏睡甚至昏迷；肢体肌张力改变，如张力减弱，松软；原始反射异常，如拥抱反射过分活跃，减弱或消失，吸吮反射减弱或消失。
（3）病情较重时可有惊厥，应注意新生儿惊厥特点，如面部，肢体不规则，不固定的节律性抽动，眼球凝视，震颤伴有呼吸暂停，面色青紫。
（4）重症病例出现中枢性呼吸衰竭，瞳孔改变，间歇性伸肌张力增强等脑干损伤表现。
2、心：由于缺氧时影响传导系统和心肌，轻症时房室传导延长，T波变平或倒置，重症时心律不齐或缓慢，常能听到收缩期杂音，酸中毒时心肌收缩力减弱而输出量减少，血压下降，进一步影响了冠状动脉和脑动脉的灌注，最后出现心力衰竭，上海医科大学儿科医院报告窒息后心衰发生率达22.5％，超声心动图见到心房水平右向左分流者是窒息后心衰的重要依据，多普勒测定心输出量则可观察心功能损害程度及其恢复情况。
3、肺：主要表现为呼吸紊乱，在羊水吸入的基础上容易继发肺炎，经过积极复苏者尚需注意气胸，有肺水肿和肺血管痉挛可伴发通气弥散障碍，肺动脉压力增高可促使动脉导管重新开放恢复胎儿循环，加重缺氧可致肺组织受损，出现肺出血。
4、肝：窒息缺氧可降低胆红素与白蛋白的联结力，使黄疸加深，时间延长，也可因肝脏受损和Ⅱ，Ⅴ，Ⅶ，Ⅸ及X等凝血因子的减少而易发DIC。
5、其它：重度窒息儿肾功能低下易引起低钠血症，胃肠道受血液重新分布的影响易产生坏死性小肠结肠炎，由于无氧代谢糖原消耗剧增，容易出现低血糖，钙调节功能减弱，易发生低血钙。
