本病常见的并发症有：
1、重症肌无力(MG)
长期以来人们即发现重症肌无力与胸腺(或胸腺瘤)有关，重症肌无力临床上可分为3型，如眼睑下垂，视物长久感疲劳，复视，为眼肌型;上肢伸举不能持久，步行稍远需坐下休息，为躯干型;咀嚼吞咽费力，甚至呼吸肌麻痹，为延髓型，临床上最危险的是肌无力危象，病人呼吸肌麻痹必须人工辅助呼吸。
目前认为重症肌无力是一自家免疫性疾病，主要因胸腺受某种刺激发生突变，不能控制某些禁忌细胞株而任其分化增殖，对自身成分(横纹肌)发生免疫反应，出现肌无力，治疗重症肌无力多年来一直采用抗乙酰胆碱酯酶药物，如吡啶斯的明，近年来又加用免疫抑制剂，如激素，环磷酰胺等，外科治疗重症肌无力的适应证为伴有或不伴有胸腺瘤的重症肌无力患者，服抗乙酰胆碱酯酶药物，剂量不断增加而症状不减轻，或出现肌无力危象以及反复呼吸道感染。
与胸腺瘤并存疾病之一是纯红细胞再障，纯红再障可为原发的，原因不清，也可继发于药物，感染和肿瘤，实验研究表明PRCA是一自家免疫性疾病，未知原因导致红细胞抗原的自身免疫反应，这些抗原可存在于人体胸腺内，胸腺瘤本身对红细胞生长并无直接作用，可能的情况是胸腺瘤可增强免疫系统的敏感性，或者胸腺瘤由高度敏感的增生系统所诱发。
3、肾病综合征肾炎
肾病综合征肾炎与胸腺瘤的关系尚不明了，肾病综合征可以是某些肿瘤，如霍奇金病，全身表现的一部分，可能的解释为胸腺瘤与肾小球肾炎的抗原抗体复合物形成交叉反应缘故。
