1.生育能力下降或不育：隐睾的主要病理变化是生殖细胞发育障碍，因此可导致生育能力下降或不育。
Lipshultz(1976)报道一组在青春期前治疗的单侧隐睾病人，成年后约62%有生育能力，没有手术治疗者仅有40%～46%有生育能力，即使在青春期前治疗，其精液密度(2.68×104/ml)低，表明隐睾可以影响健侧睾丸的生育能力，Hecker对125例单侧隐睾病人做两侧睾丸活组织检查，健侧睾丸仅40%有正常成熟精子，并提出有可能存在自身抗体，但尚未被证实，单侧隐睾生育能力与手术年龄呈反比关系，即手术时年龄越大，术后生育能力越低，在1～2岁间手术者成年后生育率为87.5%，在3～4岁手术者为57%，如延迟到13岁以后则仅14%，此外，单侧隐睾生育能力还受健侧睾丸与附睾的发育与成熟程度的影响，如附睾与睾丸附着变异，将阻碍成熟的精子向外输送而引起不育。
双侧隐睾患者生育能力显著下降，如睾丸位置较高，由于病理损害严重，生殖细胞发育严重障碍可致不育，但若隐睾位置较低，经适当治疗后，可望残留部分生育能力。
2.先天性腹股沟斜疝：隐睾者约65%伴有先天性腹股沟斜疝，这是腹膜腔与睾丸鞘膜腔之间的鞘突管未闭合，肠襻降入阴囊内的鞘突腔内所致，几乎所有隐睾腹膜腔与鞘突间的鞘突管未闭合，当鞘状管口狭小时则不形成疝，有些患儿在生后几个月即发生较大疝，可压迫精索血管，使隐睾进一步萎缩，有些则发生斜疝嵌顿和绞窄，这些均须尽早采取手术治疗，一般情况下则待患儿稍大后与隐睾一并手术处理。
3.隐睾扭转：Wallenstein统计150例睾丸扭转病人中，有90例(60%)为隐睾患者，未降睾丸发生扭转的机会是阴囊内睾丸的21～53倍，其发病原因和机制不明，可能与睾丸引带或提睾肌附着异常有关。
4.隐睾损伤：由于隐睾常位于腹股沟管内或耻骨结节附近，位置比较表浅，固定，容易受外界暴力创伤，随着年龄增长，隐睾患者活动范围增大，创伤机会也随之增多，伤后睾丸易发生纤维变性，加速其萎缩。
5.隐睾恶变：隐睾患者发生睾丸肿瘤的机会，比正常睾丸大20～40倍，高位隐睾，特别是腹内型隐睾，其恶变发生率比低位隐睾约高4～6倍，腹内型隐睾其睾丸肿瘤发生率为22.7%，Campbell的统计其恶变率高达48.5%，而腹股沟或外环处隐睾仅为6.8%，据临床观察，10岁以后手术者不能防止肿瘤发生，10岁以前手术可明显减少肿瘤的发生，3岁前手术则能避免肿瘤的发生，一般认为睾丸固定手术并不能预防恶性变的发生，即使早期手术，也不会逆转这种恶变倾向，但下降至阴囊的睾丸发生恶变后容易被早期发现。
隐睾恶变的发病年龄多在30岁之后，其发病原因除睾丸自身因素外，还与局部温度，血运障碍，内分泌功能失调等有关，Sohval观察隐睾中的未分化曲细精管和阴囊内睾丸发生精原细胞瘤的变化相似，认为隐睾中先天性缺陷是使其更易发生恶变的原因，Batata等统计137例隐睾伴发恶变的资料，93例已行睾丸固定术，44例未手术，手术组年龄12岁，发生肿瘤平均年龄32岁，间隔平均时间20年，未手术组发病平均年龄也是32岁，认为隐睾纠正后应至少严密观察20年。
