(一)充血性心力衰竭和心律失常 心力衰竭是本病最常见的并发症，早期不发生，但在以后瓣膜被破坏并穿孔，以及其支持结构如乳头肌，腱索等受损，发生瓣膜功能不全，或使原有的功能不全加重，是产生心力衰竭的主要原因，严重的二尖瓣感染引起乳头肌败血性脓肿或二尖瓣环的破坏导致连枷样二尖瓣，造成严重二尖瓣返流，或病变发生在主动脉瓣，导致严重的主动脉瓣关闭不全时尤易发生心衰，另外，感染也可影响心肌，炎症，心肌局部脓肿或大量微栓子落入心肌血管;或较大的栓子进入冠状动脉引起心肌梗塞等均可引起心衰，其他少见的心衰原因为大的左向右分流，如感染的瓦氏窦瘤破裂或室间隔被脓肿穿破。
心力衰竭是本病的首要致死原因，主动脉瓣返流引起的心力衰竭可由病变累及二尖瓣造成严重的二尖瓣关闭不全而加剧，甚至演变成难治性心力衰竭，病死率可高达97%。
当感染累及心肌，侵犯传导组织时，可致心律失常，多数为室性过早搏动，少数发生心房颤动，发生在主动脉瓣的心内膜炎或发生主动脉窦的细菌性动脉瘤，则感染可侵袭到房室束或压迫心室间隔引起房室传导阻滞和束支传导阻滞。
(二)栓塞现象 是仅次于心力衰竭的常见并发症，发生率为15%～35%，受损瓣膜上的赘生物被内皮细胞完整覆盖需6个月，故栓塞可在发热开始后数天起至数月内发生，早期出现栓塞的大多起病急，病情风险，全身各处动脉都可发生栓塞，最常见部位是脑，肾，脾和冠状动脉，心肌，肾和脾脏栓塞不易察觉，多于尸检中发现，而脑，肺和周围血管栓塞的表现则较明显。
较大的脾栓塞时可突然发生左上腹或左肋部疼痛和脾肿大，并有发热和脾区摩擦音，偶可因脾破裂而引起腹腔内出血或腹膜炎和膈下脓肿，肾栓塞时可有腰痛或腹痛，血尿或菌尿，但较小的栓塞不一定引起症状，尿检查变化亦不多，易被漏诊，脑血管栓塞的发生率约30%，好发在大脑中动脉及其分支，偏瘫症状最常见，肺栓塞多见于右侧心脏心内膜炎，如果左侧心瓣上的赘生物小于未闭的卵圆孔时，则可到达肺部造成肺梗塞，发生肺栓塞后可有突发胸痛，气急，紫绀，咳嗽，咯血或休克等症状，但较小的肺梗塞可无明显症状，在X线胸片上表现为不规则的小块阴影，亦可呈大叶楔形阴影，要注意与其他肺部病变鉴别，冠状动脉栓塞可引起突发胸痛，休克，心力衰竭，严重的心律失常甚至猝死，四肢动脉栓塞可引起肢体疼痛，软弱，苍白而冷，紫绀，甚至坏死，中心视网膜动脉栓塞可引起突然失明，本病痊愈后1～2年内仍有发生栓塞的可能，然而并不一定就是复发，需密切观察。
(三)心脏其他并发症 心肌脓肿常见于金葡菌和肠球菌感染，特别是凝固酶阳性的葡萄球菌，可为多发性或单个大脓肿，心肌脓肿的直接播散或主动脉瓣环脓肿破入心包可引起化脓性心包炎，心肌瘘管或心脏穿孔，二尖瓣脓肿及继发于主动脉瓣感染的室间隔脓肿，常位于间隔上部，均可累及房室结和希氏束，引起房室传导阻滞或束支传导阻滞，宜及时作外科手术切除和修补，其他尚有由于冠状动脉栓塞而继发的心肌缺血，由细菌毒素损害或免疫复合物的作用而致的心肌炎等，非化脓性心包炎也可以由于免疫反应，充血性心力衰竭引起。
(四)菌性动脉瘤 以真菌性动脉瘤最为常见，菌性动脉瘤最常发生于主动脉窦，其次为脑动脉，已结扎的动脉导管，腹部血管，肺动脉，冠状动脉等，不压迫邻近组织的动脉瘤本身几无症状，可在破裂后出现临床症状，不能缓解的局限性头痛提示脑动脉有动脉瘤，局部压痛或有搏动性包块提示该处有动脉瘤存在。
(五)神经精神方面的并发症 发生率约10%～15%，临床表现有头痛，精神错乱，恶心，失眠，眩晕等中毒症状，脑部血管感染性栓塞引起的一系列症状，以及由于颅神经和脊髓或周围神经损害引起的偏瘫，截瘫，失语，定向障碍，共济失调等运动，感觉障碍和周围神经病变。
其他并发症还有免疫复合物引起的间质性肾炎和急性或慢性增殖性肾小球肾炎。
