本病属于白细胞缺乏症，对于严重的粒细胞缺乏，可影响到机体的防御功能，因此，可诱发全身的严重感染，包括脓毒血症以及败血症。由于咽峡炎还可以向周围组织发生蔓延，造成周围的组织的感染，如咽鼓管的感染，造成咽鼓管堵塞导致耳鸣等并发症出现。
