并发症包括脓肿向周围穿破和继发感染。
1.脓肿向周围组织穿破脓肿穿破与病程长、脓肿较大、靠近肝脏边缘、穿刺次数较多及腹内压增高等因素有关：脓肿穿破并发症中，以向肺实质和胸腔穿破最为多见。向肺实质穿破可致肝一肺支气管瘘，患者可出现咳血痰或咳}H含滋养体的坏死组织：向胸腔穿破可致脓胸：向腹腔穿破可引起急性腹膜炎;向心包穿破可发生心包填塞和休克，是阿米巴肝脓肿的严重并发症;有时可穿破至胃、胆等处.还可引起膈下脓肿、肾周脓肿等。
2.继发感染：是阿米巴肝脓肿的重要并发症。寒战、高热、中毒症状明显。血白细胞总数及中性粒细胞显著增加，单用阿米巴药物无效，必须加用有效抗生素。
