常见的并发症有：
1.形成溃疡。
2.感染。
3.严重者可导致死亡。
口蹄疫的并发症常是在患部组织上出现细菌性的化脓坏死过程，有时表现为多层状的化脓性皮炎或部分角质壳的剥离，腱鞘炎，乳腺炎和胃肠炎等，病期延长者可出现心脏病，内分泌病(胰腺，肾上腺等疾患)和不育症，一般这类动物最终由于生产能力低下而被淘汰。
