肺炎支原体可以感染肺外组织，因此在发生肺炎期间可以出现其他的肺外症状，如皮肤损害，神经系统损害，心血管系统损害，消化系统损害，胸膜病变等，极少数病例可伴发中枢神经症状，例如脑膜炎，脑膜脑炎，多发生神经根炎，甚至精神失常等，出血性耳鼓膜炎，胃肠炎，关节炎，血小板减少性紫癜，溶血性贫血，心包炎，心肌炎，肝炎也有发现。
泌尿支原体感染常见的合并症为输卵管炎，少数患者可出现子宫内膜炎及盆腔炎。
