先天性并发症有内脏转位，脐尿管残存，脊椎裂及尿道下裂等，获得性并发症有肾盂肾炎，肾积水，肾积脓，结石，结核和肿瘤等，此类并发症约见于30%的病例，但一组34例非融合型交叉异位肾中，19例(57%)有各种不同的并发症，其中以并发感染最高，共11例(33%)，肿瘤3例(9.1%)。
