1、继发细菌性上呼吸道感染
如急性鼻窦炎或化脓性扁桃体炎。
2、继发细菌性肺炎
流感患者可能发生如下三种肺炎，即除原发性流感病毒性肺炎外，尚可出现继发性细菌性肺炎，或病毒与细菌混合感染性肺炎，流感病毒感染导致呼吸道上皮细胞坏死，纤毛脱落和黏液分泌功能障碍，局部防御功能降低，易继发细菌感染，表现为急性支气管炎和肺炎，普通型流感继发细菌性肺炎较流感病毒性肺炎更为常见，多由肺炎链球菌，金黄色葡萄球菌，流感嗜血杆菌等引起，继发细菌感染性肺炎与原发性病毒性肺炎常可由临床特点区分，继发细菌性肺炎多在流感病情已经好转之后发生，随后体温复升，并伴有细菌性肺炎的症状和体征；细菌性肺炎亦可与流感病毒性肺炎并存，患者多为老年人，或是有慢性心肺疾病，代谢或其他疾病患者，通常以单纯型流感起病，2～3天后病情加重，体温较前更高，可伴寒战，全身中毒症状明显，咳嗽加剧，咯脓痰，伴有胸痛，患者呼吸困难，发绀，肺部满布Up音，体检和胸片可发现有局限性实变征，亦可伴发胸膜炎，出现胸腔积液或脓胸，白细胞数和中性粒细胞比例显著增高，痰涂片的革兰染色及痰培养可显示相关的致病菌，病情严重者更可引起流感后中毒性休克综合征。
3、Reye综合征(脑病-肝脂肪变综合征)
是甲型或乙型流感病毒感染的肝脏，神经系统并发症，在急性呼吸道感染热退后数天出现恶心，频繁呕吐，嗜睡，昏迷和惊厥等神经系统症状，肝大，无黄疸，肝功能轻度损害，组织学改变以肝，肾，心脂肪变性为特征，Reye综合征病因不明，近年认为可能与长期服用阿司匹林有关。
4、其他并发症
少数患者可能出现肌炎，儿童比成人多见，表现为腓肠肌和比目鱼肌的疼痛和压痛，可发生下肢搐搦，严重者不能行走，乙型流感病毒较甲型更易发生这一并发症，血清肌酸磷酸激酶含量短暂升高，患者3～4天后完全康复，有报道，极少数患者可出现肌红蛋白尿和肾衰竭，也有出现心肌损害者，表现为心电图的异常，心律失常，心肌酶含量增高等，心包炎少有报道。
