细菌性肝脓肿出现并发症常使病情加重，且混淆临床征象，导致误诊。
常见并发症为脓肿破裂，向邻近脏器穿破，穿入胸腔产生脓胸及胸膜支气管瘘，或穿入腹腔，心包腔;有时还可穿入胃，十二指肠，结肠，肾，胰腺;少数病例可穿入腔静脉，肝静脉，胸导管或腹壁等，亦可发生栓塞，血栓形成以及其他部位形成脓肿，引起肝内血管破裂由胆道排出即胆道出血者少见。
