1.合并症
中肠不旋转或旋转不全往往是先天性膈疝和腹壁缺损——脐膨出，腹裂的重要合并症，有报道称：30%～62%旋转不良患儿有伴发畸形，大多为消化道畸形，1/2十二指肠闭锁病儿，1/3空回肠闭锁病人伴有肠旋转不良，原因之一是宫内肠扭转使肠系膜血供受阻，导致肠闭锁，其他畸形包括：美克尔憩室，十二指肠瓣膜或狭窄，巨结肠，肛门闭锁，食道闭锁合并食管气管瘘，先天性短肠，胆道闭锁，先天性心脏病，内脏反位，肠系膜囊肿和梨状腹综合征，有报道发现家族性肠旋转不良伴发颜面或肢体异常，提示该病可能与遗传有关。
2.本病症可发生脱水，酸中毒，感染性休克，腹膜炎，绞窄性肠梗阻，如间歇性出现症状可致营养不良，生长发育迟缓。
