1.肠道并发症
(1)急性暴发型溃疡结肠炎：可出现急性结肠扩张和溃疡穿孔;，下消化道出血，结肠假性息肉，呈多发，大小不等，有时呈鹅卵石样，结肠狭窄多见于直肠和横结肠，也可见于其他部位。
(2)中毒性巨结肠(toxic megacolon)：是一种严重的并发症，发生率1.6%～2.5%，病死率13%～50%，多见于急性暴发型和重型患者，诱因多与服用过多抗胆碱药物，低钾，钡剂灌肠有关，结肠病变广泛严重，累及肠道肌层及肌间神经丛，使肠管扩张不能收缩，肠腔直径可达10cm以上，中毒症状明显，出现腹胀，腹部压痛，反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞明显升高，X射线平片可见结肠扩大，结肠袋形消失，由于肠道扩张，可发生缺血，坏死，造成急性肠穿孔(acute intestinal perforation)。
(3)结肠穿孔(intestinal perforation)：及直肠大出血：发生率在1%左右，病死率在40%～50%，原因为：
①中毒性巨结肠扩张的基础上发生，
②慢性期狭窄者发生。
③高压钡剂灌肠诱发。
(4)息肉(polyp)：为晚期并发症，发生率9.7%～39%，由炎症所致，一般为结肠假性息肉(pseudo-polyp)。
(5)癌变(canceration)：晚期可发生癌变，发生率5%～10%，病变主要发生在重型患者，病变累及全结肠和病程漫长的患者，癌变在儿童病例中较少，病程越长癌变倾向越高，发病后第1个10年癌变率约为3%，以后每年递增0.5%～1.0%，第2个10年可达10%～20%，故患儿应1年行一次结肠镜检查，晚期并发症尚有肛周感染，肛瘘等。
2.肠道外并发症
(1)关节受累：溃疡性结肠炎中关节受累约25%，表现为非致畸形性游走性急性关节炎，如肿胀，疼痛;同时受累可以是1个或多个关节，各个关节均可侵犯，但以膝，踝和腕关节多见。
(2)皮肤损害：较常见，严重的活动性溃疡性结肠炎约15%有皮肤损害，结节性红斑较常见，且愈后不留瘢痕;坏疽性脓皮病为溃疡性损害，常见于躯干部，愈后留有瘢痕，在疾病的活动期，其发生率为5%～10%，但可治愈。
(3)眼部：巩膜外层炎，复发性虹膜炎及葡萄膜炎的发生率约为5%。
(4)大出血(massive hemorrhage)：发生率为1.1%～4.0%，发生原因是溃疡累及大的血管发生出血，及低凝血酶原血症(hypoprothrombinemia)。
