在治疗肛乳头瘤的过程中，要注意一些细节的问题，这样有利于肛乳头瘤的治疗效果。肛乳头瘤的治疗可采用微创疗法，微创的小切口，从发病部位基底部潜行剥离，彻底祛除肛乳头病灶，避免了对组织造成大的损伤，减少出血量。
1、早期治疗是预防肛肠疾患的关键：肛乳头瘤虽为良性肿瘤，但其发生主要与肛窦炎有着密切的关系，二者互为因果。据统计85%的肛肠疾患，都是由肛窦炎所引起。目前也有人认为直肠、肛管癌的发生，与其慢性炎症刺激有关。所以早期采用积极有效的治疗，对预防肛肠疾患的发生，有着重要的意义。
2、加强综合治疗：虽然手术治疗对肛乳头瘤是根治性的，但要严格掌握其手术时机。要根据其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，对早期的采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。在手术当中要注意保护肛管皮肤，尽量减少对肛管皮肤的损伤，避免后遗症的发生。
3、术中及术后并发症的处理：手术中对较大的乳头瘤，结扎时应贯穿做“8”字缝扎，以防结扎线滑脱并发大出血，肛乳头瘤位于齿线处，须将其齿线以下部分切开后再行结扎，以免引起术后疼痛、水肿。若出现大出血和疼痛，水肿，应及时给予局麻在窥镜下结扎止血，中药坐浴以止痛消肿。
