细菌性肝脓肿的预防主要是针对病因，积极治疗能引起肝脓肿的各种疾病。积极治疗全身感染和腹部感染，积极治疗糖尿病及相关并发症。已发现患有阿米巴痢疾的患者应尽早诊治，服用有抗虫作用的药物，如甲硝唑和盐酸吐根硷等，预防阿米巴肝脓肿的发生。注意个人卫生及饮食卫生。饭前便后洗手，饮用开水，生食蔬菜瓜果必须洗干净，并作适当消毒处理，如用食醋或高锰酸钾浸泡。加强身体锻炼，改善饮食结构，增强机体抗病能力。阿米巴肝脓肿发展缓慢，距肠阿米巴病或阿米巴感染后有较长的隐匿期。暴饮暴食足以引起肠道炎症，易于使阿米巴感染变为活动；酗酒以及其他足以使人体抵抗力降低等情况，都可为肝脓肿发生的诱因。
