防治锥虫病的主要措施包括发现、治疗病人和消灭舌蝇。改变媒介昆虫孳生环境，如清除灌木林，喷洒杀虫剂等措施。治疗药物苏拉明对各种昏睡病早期疗效良好。其他药物有喷他脒、美拉胂醇(麦拉硫砷醇)等，疗效也好。对已累及中枢神经系统的病例，须采用有机砷剂进行治疗。
控制冈比亚锥虫病的基础，是普查并治疗大量的无症状感染者，特别是淋巴结肿大者，同时治疗患者及加强管理家畜，可采用“香味”诱扑机扑杀采采蝇，1次可扑杀数千克，是减少采采蝇威胁的非常有效的方法;又因为采采蝇容易反复，故需1次/6个月，因为冈比亚锥虫病的潜伏期长，而致不易及时看到其发病率减少的效果，近来在乌干达罗得西亚锥虫病的流行区有用采采蝇诱扑机，得到成功的经验，因为罗得西亚锥虫病潜伏期较短，致使能及时看到它被控制的效果。
