当出现疱疹性咽炎时，多数患者血液中白血球不升高或下降(合并细菌感染时白血球常常升高)。疱疹性咽炎临床症状有发热、咽痛，在口腔里、软腭上和扁桃腺、悬雍垂上出现小疱疹。疱疹的初期是灰白色的小丘疹，周围红晕，以后变成发亮的疱疹，破溃以后变成小溃疡。多数可见丘疹、疱疹和溃疡同时存在。孩子往往因为咽痛而流涎、拒食。婴幼儿因为不能诉说咽痛，所以日夜哭闹，不能睡眠。一般病程在7天左右。
