（一）医院内感染:寄殖于胃肠道的细菌或褥疮病原菌污染尿道口后，可借助导尿管侵入膀胱或通过导尿管和尿道粘膜间的薄层液体达膀胱，通过导尿管腔是细菌入侵的最常见途径，细菌在污染导尿管，引流管和尿液收集器后进入导尿管腔，由工作人员的手造成的保留导尿管系统交叉污染在散播细菌感染中起着重要作用，此外，细菌尚可通过污染的冲洗液和各种药物溶液，未严格消毒的膀胱镜等进入尿路，一次导尿后发生菌尿症的机会为1％～5％，放置保留导尿管而无闭式消毒收集装置者，48h后菌尿症可见于90％的病人；有闭式消毒收集装置者，菌尿症仅见于20％～25％的病人，感染发生率随导尿管放置时间而增加，每放置一天出现菌尿症的机会为5％～10％，放置2周后50％以上的患者将发生感染。
（二）外科伤口感染:金葡菌为伤口感染的重要致病菌，感染一般于术后3～8天发生，手术期间接触传染较空气传播重要，术后病房内病人间的交叉感染或来自工作人员的带菌者，一般皆由接触传播，某些金葡菌伤口感染可能来自病人本身，凝固酶阴性葡萄球菌，链球菌和肠球菌属也为伤口感染的常见病原菌，革兰阴性杆菌感染很少自手术室内获得，多发生于病房内，革兰阴性杆菌所致的伤口感染约占全部伤口感染的60％，包括绿脓杆菌，大肠杆菌等；除外源性病原菌外寄殖于病人肠道，呼吸道等处的细菌也可作为伤口感染的致病菌，如胃肠道手术和腹部穿刺伤后腹腔内和伤口感染即主要为内源性的脆弱类杆菌和需氧革兰阴性杆菌引起，类杆菌等厌氧菌也是妇科手术后感染的常见致病菌。
（三）下呼吸道感染:咽部寄殖的致病菌可能来自病人胃肠道，也可由病人间交叉感染或通过医院工作人员手的传播而获得，呼吸器，喷雾器，增湿器等皆可成为细菌传播的媒介，某些治疗器具有液体贮存器设备者可为革兰阴性杆菌生长创造了条件，气管切开病人丧失了咽部防御功能；同时在治疗过程中非无菌或创伤性吸痰，污染的冲洗液体，抗生素的治疗，老年人长期卧床，吸入的分泌物未得到清除及污染的间歇加压呼吸器等皆为促使肺部感染发生的因素，胸部和上腹部手术后约20％的病人发生临床明显感染，达半数病人有X线证据显示某些术后肺部并发症，吸烟，原有肺部病变，手术时间超过2小时等将增加术后感染的发生率，肺炎一般于术后2～4天发生，病原菌以革兰阴性菌最为多见，约占60～80％，尤以克雷伯菌属等肠杆菌科细菌和绿脓杆菌等肠杆菌属更为常见，亦可为流感杆菌，金葡菌，肺炎球菌，嗜肺军团菌等，体液免疫功能低下时易引起有荚膜细菌（流感杆菌，肺炎球菌）所致肺炎，细胞免疫功能低下病人易引起曲菌，念珠菌属，卡氏肺孢子虫，巨细胞病毒，带状疱疹病毒，沙眼衣原体，非典型分枝杆菌属，嗜肺军团菌等肺部感染，昏迷，休克等病人可因吸入口腔分泌物而发生厌氧菌（消化球菌，消化链球菌，梭杆菌属等）或厌氧菌与需氧菌混合感染，呼吸道合胞病毒为2周岁内婴幼儿下呼吸道感染最重要的病原体，其发病率和病死率均高。
（四）败血症:医院内败血症的发病率为0.3％～2.8％，原发性败血症（原发感染的病灶不明显或由静脉输液，血管内检测及血液透析引起的败血症）约占败血症的半数，其他则来源于尿路外科伤口，下呼吸道和皮肤等感染。
（五）消化系统感染:1.假膜性肠炎,2.病毒性肝炎,3.胃肠炎。
（六）皮肤感染 医院内皮肤感染占全部医院内感染的5％左右，包括金葡菌所致的脓皮病，疖病，脓疱疮等，溶血性链球菌脓皮病以及带状疱疹等，金葡菌所致的皮肤感染发病率较高，常造成流行，多数婴儿在婴儿室住院超过4天以上时，即有金葡菌在脐，鼻和皮肤寄殖，某些婴儿室婴儿细菌寄殖率可达25％，但不一定发病，30％的婴儿室工作人员也可有金葡菌在鼻部寄殖，金葡菌也可存在于床上用具，衣服，地板，桌椅等，金葡菌在婴儿室系通过接触传播，工作人员的手对交叉感染起着重要作用，空气传播较少见。
（七）中枢神经系统感染 中枢神经系统感染常于颅脑手术及脑脊液分流术后发生，病原以肠杆菌科细菌，绿脓杆菌，金葡菌，表葡菌，及不动杆菌属为多见，偶可为白色念珠菌，病死率高。
