潜伏期为4～20天，常为10～14天。
本病一般无前驱症状，多突然起病，体温迅速上升，达39～41℃，呈持续热型，弛张热型或不规则热型，持续1～3周，于发热的同时，多伴有畏寒或寒战，剧烈头痛，全身酸痛，疲乏，嗜睡，食欲下降，恶心，呕吐，颜面潮红，眼结膜充血，畏光，失眠和咳嗽等，个别病例还可有眼眶疼痛，严重者可出现烦躁，谵妄，听力减退，强直性痉挛，嗜睡和昏迷等，可出现脑膜刺激征及病理神经反射。
主要体征包括：
1.焦痂与溃疡：为本病之特征，可见于70%～100%患者，人被受恙虫病立克次体感染的恙螨幼虫叮咬后，局部随后出现红色丘疹，不痛不痒，继成水疱，然后发生坏死和出血，随后结成黑色痂皮，称为焦痂，其边缘突起，周围有红晕，呈圆形或椭圆形，大小不等，直径可为2～15mm，多为4～10mm;痂皮脱落后即成溃疡，其基底部为淡红色肉芽组织，起初常有血清样渗出液，随后逐渐减少，形成一个光洁的凹陷面，偶有继发性化脓现象，多数患者仅有1个，偶见2～3个焦痂或溃疡，亦有多至11个的报告，由于恙螨幼虫好侵袭人体的潮湿，气味较浓以及被压迫部位，故焦痂多见于腋窝，阴囊，外生殖器，腹股沟，会阴，肛周和腰带压迫等处，但头，颈，胸，背，腹，乳房和四肢等部位亦有发现，由于焦痂是恙螨幼虫叮咬，恙虫病立克次体入侵人体的部位，故理论上每个恙虫病患者都应有焦痂，约有30%的患者于洗澡，更衣时，可发现不痛不痒或稍带痒感的焦痂，而且常于发病前1～2周已发现。
2.淋巴结肿大：焦痂附近的淋巴结常明显肿大，并常伴疼痛和压痛，全身浅表淋巴结肿大者也相当常见，一般大者如鸽蛋，小者如蚕豆，可移动，多见于腹股沟，腋下，耳后等处，消肿较慢，常于疾病的恢复期仍可扪及。
3.皮疹：出现于病程的第2～8天，较多见于第4～6天，少数病例可于发病时即出现皮疹，或迟至第14天才出现皮疹，发生率各地报告差别较大(35.34%～100%)，可能与就诊时病期不同有关，皮疹多呈暗红色充血性斑丘疹，也有呈出血性者，无痒感，大小不一，直径为2～5mm，多散布于躯干部，向四肢发展，面部很少，手掌和脚底部更少，极少数可融合呈麻疹样皮疹，多经3～7天后逐渐消退，不脱屑，但有色素沉着，有时，于病程第7～10天可在口腔软，硬腭及颊部黏膜上发现黏膜疹或出血点。
有些流行区出现一些轻型患者，其临床表现为发热，头痛，皮疹和淋巴结肿大，这些患者可能是过去曾被不同血清型恙虫病立克次体感染过的人，有一定交叉免疫力。
4.肝脾肿大：肝肿大约占10%～30%，脾肿大约占30%～50%，质软，表面平滑，无触压痛。
5.其他：舌尖，边常红色，伴白色或黄色厚苔，眼结膜充血为常见体征之一，同时约5%患者可有结膜下出血，眼底可见静脉曲张，视盘边缘模糊，水肿，也可见眼底出血，部分患者皮肤充血，故有颜面及全身皮肤潮红现象，心肌炎较常见，心率可达120次/min以上，心音，脉搏皆弱，心电图可呈T波低平或倒置，或发生传导阻滞现象，重型患者可发生心力衰竭与循环衰竭，肺部体征依病情轻重而异，轻者可无明显体征，重型患者可发生间质性肺炎，以呼吸困难为主，可出现发绀现象，若有继发性细菌感染，则可闻干，湿性啰音，此外，亦可发生全身性感觉过敏，睾丸肿痛，阴囊肿大压痛，腰痛和腹胀等现象。
危重病例呈严重的多器官损害，出现心，肾衰竭，循环衰竭与出血现象，如鼻出血，胃肠道出血等，还可发生弥散性血管内凝血，若患者的病程达15天以上，则病情常较严重，表现为明显的多器官损害，心，肝，肾衰竭，出现休克，氮质血症，出血倾向和昏迷。
