潜伏期从尾蚴侵入至尿中出现虫卵为10～12周。
1.急性期 在本病流行区，患者大多为重复感染，故急性期症状少见，仅少数患者有发热，头痛，乏力等全身症状，荨麻疹常见，并有腹痛与肝，脾肿大，血象中嗜酸性粒细胞显著增多，临床表现与急性日本血吸虫病相似，但较轻。
2.慢性期 早期症状为无痛性终末血尿，可持续数月或数年，而无其他症状，但以后逐渐出现尿频，尿痛等慢性膀胱炎症状，继而导致排尿困难，泌尿道阻塞，肾盂积水，逆行性细菌感染，最后引起肾衰竭。
膀胱镜检查可见膀胱壁上由大量虫卵肉芽肿形成的沙斑(sandy patches)，黏膜增生性炎症与乳突状生长，以及由尿酸，草酸与磷酸盐组成的结石，在埃及，83.1%膀胱癌患者有埃及血吸虫病变，故埃及血吸虫病可能诱发癌变，该类患者年龄较轻，在40岁左右，大多为完全分化的鳞状细胞癌;转移较少见，而且出现较迟。
(1)肝肠症状：远较日本血吸虫病少而轻，出现较迟，主要是结肠与肝门脉周围由虫卵肉芽肿引起，从腹泻与痢疾患者粪便中排出虫卵，肝脾肿与肝纤维化等症状一般较轻。
(2)肺部症状：较为少见，患者诉乏力，头昏，头痛，心悸，心前区隐痛，约1/3患者劳累后发生晕厥，胸部X线检查可见肺动脉显著扩张，心电图可见P波高耸与右心室肥大，在晚期可并发右心衰竭，因本病为阻塞性肺心病，无心肌损伤，故发生较迟，根据埃及报告，临床上仅0.8%～1%患者引起肺心病，血吸虫性肺心病仅占心脏病患者总数的4%。
(3)生殖系统症状：男性患者前列腺可因虫卵沉积发生炎症，质变硬，有时从精液中可发现大量虫卵，虫卵经肠系膜静脉吻合支抵达精索静脉，可引起精索与附睾病变，由于鞘膜纤维化使阴囊淋巴管阻塞，回流不畅，可引起阴茎龟头像皮肿，女性患者生殖系统症状较不明显，可有宫颈，阴道与阴唇病变，输卵管与子宫炎较少见。
