感染病毒后潜伏期最短6周，最长2年，HPV感染大体上可分为黏膜表面感染和皮肤感染，但这种差别并不是绝对的，临床表现则多种多样，感染可以是无症状的，或产生可察觉到的良性疣，或产生反复发作的逐渐生长的不易治疗的病理损伤，还有的可转为侵入性肿瘤，常见的临床表现如下：
1.皮肤疣主要有以下三种
(1)跖疣：跖疣(verruca plantaris)即发生在足部的寻常疣，多侵犯青年和成人，外伤和摩擦可为其发病诱因，足部多汗与跖疣的发生也有一定的关系，初起时为一帽针大小的角质性突起，逐渐增大到直径2mm～1cm 或更大的淡黄色或黄褐色胼底斑块，表面角化，粗糙不平，灰褐，灰黄或污灰色，呈圆形，境界清楚，中央微凹，边缘绕以稍高的角质环，刮削其表面角质层，则可见角层与疣的环状交界线，中心可见点状出血，好发于足跟，跖骨头或趾间受压处，有时可在胼胝的基底上发生，一般为单侧，数目不定，有时可在一较大的疣体周围出现数个小的卫星疣，亦可相互聚集或融合成一角质斑块，如用刀刮去角质斑块，可见数个角质软芯，特称为镶嵌状疣(mosaic warts)，可有明显触压痛，病程呈慢性经过，可自然消退。
(2)寻常疣：寻常疣(verruca vulgaris)为界线清楚，突出皮肤，高度角化，表面粗糙，质地硬固，呈灰褐色或正常肤色，初起为针尖大小的丘疹，渐渐扩大到碗口大或更大，继续发育呈乳头样增生，周围无炎症，初发时多为单个，可长期不变，但亦有因自身接种而逐渐增多至数个或数十个，有时数个损害可融合成片，一般无自觉症状，偶有压痛，摩擦或撞击时易出血，好发于手背，手指，足，甲缘等处，后者称为甲周疣(periungual warts)，有触痛，易致破裂而感染，也可发生于手掌和足底，但很少发生在黏膜。
寻常疣的特殊类型有：
①丝状疣(filiform warts)，好发于颈部，眼睑，额部等处，常单发，疣体呈细长丝状突起，顶端角化，一般无自觉症状，若发生在眼睑，可伴发结膜炎或角膜炎。
②指状疣(digitate warts)，亦多见于头皮，也见于面部，趾间，疣体表面呈参差不齐的指状突起，其尖端为角质样物质，数目多少不等。
(3)扁平疣：扁平疣(verruca plana)又称为青年扁平疣，主要侵犯青少年，大多骤然出现，从米粒大到黄豆大小，呈圆形，椭圆形或多角形，扁平轻度突起的丘疹，表面光滑，质硬，浅褐色或正常肤色，数目较多，多数密集，偶可沿抓痕分布排列成条状，一般无自觉症状，偶有微痒，出血，疼痛(当表面受压或受摩擦时)，但极少见到疣的癌变，好发于颜面，颈部，前臂和手背等处，有时伴发寻常疣，喉部乳头瘤，病程慢性，自行消退，也有经数年不愈者，愈后不留瘢痕，可复发。
2.生殖器疣 生殖器疣(genital wart)又称尖锐湿疣(condyloma accuminatum)，性病湿疣(venereal warts)，是由 HPV 引起的皮肤黏膜良性新生物，主要经性接触而传播，多发于年轻人，男女均易感，病变通常生长于黏膜和皮肤交界的部位，病毒在易感细胞胞核内复制，引起细胞增生，本病可自然消退，但可复发，近年来发现有些病例可发展成宫颈癌，因而引起普遍重视。
潜伏期长短不一，估计为1～8个月，平均3个月，并有显性感染，亚临床感染和潜伏感染三种。
(1)显性感染：可见明显的疣状赘生物，呈肉色至灰色，高度角化，既附着于皮肤，更常见附着一个软的宽的蒂上，病变从平滑，珍珠样到边缘很不整齐，表面凹凸不平，互相重叠，形如乳头状，蕈状，菜花状及鸡冠状，质地柔软，触之易出血，表面湿润，大小不足1mm～2cm不等，可融合成大的团块，易发生糜烂，渗液带有恶臭等，好发部位：男性好发于龟头，冠状沟，包皮内侧，包皮系带，尿道口及阴茎部，同性恋者好发于肛周及直肠部，女性者多发于大小阴唇，阴道，会阴，宫颈，肛周，肛门直肠，尿道甚至腹股沟等生殖器以外的部位，初发时为少数微小淡红色丘疹，逐渐增大增多，表面常因摩擦破裂糜烂并继发感染，初起常无症状，继之可出现患处疹痒，疼痛，烧灼感，女性患者白带增多，甚至血性白带，乳汁样恶臭分泌物，与淋病，滴虫，真菌同时存在，妊娠期病损数量或大小会增加，以致影响分娩，分娩后常减轻或消失，1%～25%的患者尿道发生损害，在翻转尿道口或用内镜检查则清晰可见，但病损不会深入尿道3cm以远处，膀胱及其近端尿道一般无损害，同性恋患者肛门周围病损远较异性恋患者患病率高，大多数生殖器疣可自行消退，但不进行治疗，病程可迁延，反复，少数还可能恶变。
(2)亚临床感染：近年来由于 HPV-16和HPV-18型感染增多，因此亚临床感染病例增加，病变可波及阴茎，外阴，阴道，宫颈，尿道和膀胱，肛门和肛门周围等部位，疣多无蒂，扁平状，体积较小，阴道病变则为上皮隆起的粗糙的微乳头(结节状)集中在毛细血管襻上，称穗状湿疣(spiked condyloma)，另一种表现为无隆起的扁平的皮损，即非特定的上皮内瘤形成(nonspecified intraepithelial neoplasia)，男性患者在阴茎上呈表皮疣，突出于包皮和阴囊表面，直径很小，也可大至1cm，圆形，呈棕色至暗蓝色的无蒂丘疹，分布于男性和女性外阴，甚至侵及肛门，直肠，尿道等处。
(3)潜伏感染：无症状也无肉眼可见的病变，用核酸杂交或PCR 技术检测 HPV DNA可以确诊，也有报道，正常妇女HPV 感染可高达70%，在正常的新生儿包皮中也能检查到这种病毒。
同性恋者最易发生肛周疣，2/3患者既有肛门外部疣也有肛门内部疣。
近来研究证明，在阴道，阴茎或肛周部位的生殖器疣，可转化为鳞状细胞癌，其转化时间通常需要5～10年，有报道说 4.7%～10.0%宫颈尖锐湿疣，5%外阴及肛周尖锐湿疣，经过一个长期潜伏后，可发展为间变，原位癌和浸润癌，利用核酸杂交方法，在某些浸润性癌的活检材料中发现生殖器疣中的 HPV-6及HPV-11 型 DNA 相关序列，巨型尖锐湿疣实质上是一种疣状癌，常好发于男性龟头包皮上，其损害可向深部穿透，产生很多瘘管通向尿道，然后从瘘管中排出脓液及尿液。
3.呼吸道乳头状瘤 呼吸道乳头状瘤是一种良性肿瘤，主要见于幼儿，可发生在喉部，喉乳突状瘤生长迅速，病变发展快，严重影响通气，出现声音嘶哑及哮吼，需及时进行外科切除，以免窒息，病变常蔓延至气管或肺部，同样引起呼吸道阻塞，肺部进一步有继发性感染时易发生呼吸窘迫症，在成人，易转变成癌，呼吸道乳头状瘤由HPV-6和HPV-11引起。
4.疣状表皮发育不良症 疣状表皮发育不良症(epidermodysplasia verruciformis, EV)是一种少见的终身性皮肤病，它起病于婴儿或儿童时期，特点是顽固性，传播性，扁平疣样的皮肤病灶，或表现为不同颜色的皮肤斑点，EV 是一种多因素引起的疾病，除特异性的HPV感染外，还涉及遗传，免疫和其他内部因子，有些人认为EV是一种上皮发生的先天性缺陷，也有人认为EV是一种全身性疣的特殊形态。
5.间变性丘疹病(bowenoid papulosis，BP)与鲍温病(Bowen disease) 间变性丘疹病是一种多病灶的良性斑丘疹样病变，组织学上具原位癌的特征，但临床表现大部分是良性的，BP与鲍温病的不同之处在于：BP为多病灶性的，常发生于肛，阴部及脚部皮肤，患者较年轻(平均26岁)，而鲍温病患者多在50岁以上，多年来BP的病原一直不清，有人从12例BP的活检组织中提取DNA与HPV-11，HPV -16进行杂交，发现所有的组织均与HPV-16杂交，此外，HPV-6基因组也在BP中发现，这均提示HPV可能是BP病原，在鲍温病患者中检出HPV-16及其他类型的HPV(HPV-5，HPV-8)，提示鲍温病也可能与HPV有关。
