1.角膜 典型的改变为角膜后胚胎环，即Schwalbe线增殖突出和前移，从角膜前面或用裂隙灯显微镜可见靠近角膜缘的角膜后面有一条白色的线或环，局限在某一部位(颞侧最常见)或呈360°，角膜后胚胎环在一般人群中有8%～15%可见，也有少数患者无角膜后胚胎环但有本综合征的其他眼部和全身异常者，患者除角膜周边部改变外，其他部位均透明，偶有大角膜或小角膜，少数患者可见到角膜中央部有先天性混浊，如患者长期患青光眼，年龄较大，特别是做过内眼手术者，角膜内皮细胞的数目，形态和大小可呈轻-中度改变。
2.虹膜角膜角 用虹膜角膜角镜检查，可见典型的突出的Schwalbe线，有条带自虹膜周边部跨越房角附于其上，条带的颜色和质地与虹膜组织类似，粗细不一，有的呈断裂状，一端附于角膜另一端附于虹膜，每个象限可有1～2条或几条组织条带，而有些则整个环周小梁网均被组织条带遮盖，此种组织条带的多少与房水渗出通道受阻有无直接关系尚无结论，在组织条带的稍远处房角开放，可以看见小梁网，但因周边虹膜附着高位看不清巩膜突，虹膜终止于小梁网后部。
3.虹膜 除了周边虹膜的异常外，A-R综合征中有些眼的虹膜正常(传统分类中属于Axenfeld异常)，其他病例虹膜的缺损从轻度的基质变薄到明显的虹膜萎缩，并有孔洞形成，瞳孔异位，色素膜外翻(传统分类中属于Rieger异常)等，当有瞳孔异位时，在裂隙灯显微镜下可见瞳孔向一个明显的周边组织条带处移位，虹膜萎缩和孔洞形成则在远离瞳孔异位方向的象限，少数患者虹膜异位改变会逐渐发展，包括瞳孔异位或变形，虹膜变薄或裂孔形成，周边虹膜组织条带变粗等。
4.青光眼 约有半数A-R综合征患者发展为青光眼，可在婴儿期显示，但更多见于儿童或青年，多发生在有虹膜组织条带的患者，但组织条带的多少与发生青光眼是否呈正比尚未得到证实。
