阿米巴结肠炎的潜伏期长短不一，1～2周或数月以上，可因食入的包囊数量，致病力以及机体抵抗力强弱不同，而出现不同的临床表现。
1.无症状型：主要指那些阿米巴包囊携带者，多因普查发现，这些人由于症状轻微，常为病人所忽略，马鞍山市防疫站曾报道1166例阿米巴原虫阳性者中22.7%为无症状型，这些病人为本病重要的传染源。
2.阿米巴肠炎：和普通肠炎类似，病人可有腹痛腹泻，粪便不成形或稀便，混有黏液和未消化的食物，臭味较大。
3.阿米巴痢疾：和细菌性痢疾相似，但中毒症状较轻，病人可发热38℃左右，腹痛，腹泻，一天数次到10余次，大便呈血性黏液便，或粪便与血分开，有时可完全为血性便，若次数不多则粪便为暗红色或果酱样，奇臭。
