查加斯病可按自然病史分为急性期，隐匿期和慢性期3个阶段。
1.急性锥虫病：锥虫进入人体以后，即开始繁殖，并在体内广泛播散，但感染者中只有不足10%可发生急性锥虫病，以幼童最常发生，且症状比成年人严重，主要表现为发热，肌痛，出汗，肝脾肿大，心肌炎及其并发的心力衰竭，偶有脑膜脑炎等，大多数病人临床症状可于数月后缓解，病死率约10%。
2.隐匿性锥虫病：随后疾病进入无症状的隐匿期，此期常可出现心电图变化，目前认为心电图异常是最终发生心肌病以及晚期病死率增高的重要标志。
3.慢性锥虫病：在锥虫感染后平均约20年左右，约30%感染者可出现慢性锥虫病的临床表现，如心脏增大，心力衰竭，心律失常，血栓栓塞，不典型胸痛，右束支传导阻滞及猝死等，本病的心肌炎为全心炎，亦可为节段性心肌损害和心室功能障碍，临床上以室性心律失常，房室传导阻滞，充血性心力衰竭以及血栓栓塞为其主要表现。
(1)心律失常：本病极易发生室性心律失常，并且是导致猝死最常见的原因，频发室性期前收缩可为本病惟一的临床表现，而伴有心脏其他病变者，则无一例外均有室性期前收缩，与其他心肌病相比，本病的室性期前收缩更为频发，每天可达数万次，且在一段时间里持续频发，有左心室室壁瘤或心功能障碍，或两者兼有的病人，室性心律失常更为常见，室性心律失常出现的可能性及其严重程度与心肌病变的范围和严重程度有关，持续性室性心动过速亦不少见，且多伴有左前分支传导阻滞或双束支传导阻滞，而不是单纯的右束支传导阻滞，心脏传导系统受累的发生率可达80%，常表现为右束支传导阻滞，或左前分支传导阻滞，或两者兼有，被认为是本病典型的心电图表现，有研究发现，传导阻滞似呈进行性加重，从不完全性右束支传导阻滞转为完全性右束支传导阻滞，由左前分支传导阻滞，最后发展至完全性房室传导阻滞，后者常见于晚期有心力衰竭的病人，心电图上出现病理性Q波常提示预后不良;ST段抬高和T波异常通常提示存在室壁瘤。
(2)充血性心力衰竭：是广泛而不可逆性心肌损伤和心脏结构异常的结果，大多发生于40岁以后，常晚于房室传导阻滞或室壁瘤出现，为本病的晚期表现。
(3)自主神经功能障碍：本病常在早期出现心血管自主神经功能障碍，主要是由于副交感神经的去神经作用所致，表现为对运动的血流动力学反应迟钝，直立性低血压，心率变异性降低以及对压力反射试验，阿托品试验异常，有研究发现，血浆去甲肾上腺素水平与自主神经功能异常的严重程度有相关性;也有学者指出，本病的心脏性猝死亦可能与其自主神经功能障碍有关。
