潜伏期的长短与感染沙门菌的数量，菌株致病力强弱及临床类型有关，食入被沙门菌污染的食物后，常于8～48h发生胃肠炎症状，若感染的菌量较大，可在12h内发病，小量感染因病原体繁殖需要较长时间，潜伏期可为48h左右，败血症与伤寒型的潜伏期较长，约为1～2周。
1、胃肠炎型
是最常见的临床类型，亦称为沙门菌食物中毒，约占沙门菌病的70%，潜伏期为6～48h，最短2h，最长可达3天，急性起病，开始时有恶心，呕吐，继而迅速出现腹绞痛与腹泻，起初多为稀烂大便，随后大便常呈黄色水样，每次量较多，很少或没有粪质，偶可呈黏液性或脓血性粪便，大便每天数次至数十次不等，常有发热，体温可达38～40℃，可伴有畏寒或寒战，沙门菌性胃肠炎的病情严重程度差异较大，少数患者可无发热，只有稀烂大便，重的则可呈暴发型，伴有迅速脱水，可由于脱水严重而引起休克和肾衰竭，甚至可迅速死亡，此种情况在早产儿和营养不良的婴儿中较易发生，沙门菌性胃肠炎的症状多于开始治疗后2～3天内消失，偶尔病程可迁延至2周之久，病死率可超过1%，死亡的病例几乎都是婴儿，老人和身体衰弱的患者，患者的白细胞数多在正常范围，但有中性粒细胞核左移现象，所有病例的血液培养几乎均为阴性，在急性期几乎所有病例的大便均可培养分离出病原菌，胃肠炎开始后2周，约有50%的患者大便培养仍有病原菌生长，此型较常见的病原菌为鼠伤寒沙门菌，在我国，鼠伤寒沙门菌感染约占所有沙门菌感染的20%，仅次于伤寒沙门菌感染，在美国，鼠伤寒沙门菌感染则居沙门菌感染的首位，近年来，鼠伤寒沙门菌感染的报道例数有增多趋势，它已是引起急性食物中毒的主要致病菌，在报道的沙门菌性食物中毒中，鼠伤寒沙门菌占首位，为30%左右，其次是猪霍乱沙门菌，鼠伤寒沙门菌食物中毒的潜伏期短，多为2～24h，起病急骤，畏寒，发热，体温一般为38～39℃，伴头痛，食欲缺乏，恶心，呕吐，腹痛，腹泻，大便每天数次至数十次不等，起初呈稀烂大便，继而呈黄色水样，带少量黏液，个别可带脓血，有恶臭味，儿童可出现高热，惊厥，昏迷，脱水，循环衰竭，少尿或无尿。
若不及时诊治，易致死亡，我国绝大多数地区都有鼠伤寒沙门菌感染流行的报道，20世纪70年代初期，西北地区开始发现本病流行，此后，华北，华东和华南地区均陆续有报道，由鼠伤寒沙门菌所致的食物中毒患者，其大便中含有大量病原菌，若未能及时诊断，隔离与治疗，该病原菌可造成严重广泛的污染，使继发病例不断出现，如在沈阳某儿童医院儿科病房中，因收治鼠伤寒沙门菌胃肠炎患儿，造成病房的地面，门窗，墙壁，用具，如床单，床垫，床架，床头柜，玩具，热水瓶，扫帚和抹布等均被病原菌污染，甚至在病房的空气中都可分离出鼠伤寒沙门菌，若病房不作彻底消毒，则很难制止因医院内感染所致的续发病例发生，山东省某医院亦曾报道因收治鼠伤寒沙门菌胃肠炎患儿而使病房受严重污染，于5个月内在该儿科病房住院的患儿及其陪人中造成本病流行，发病率高达54.9%，病死率达 31.6%，医生作检查，护士作护理，病房工人搞卫生都有可能在本病的流行中起了传播作用，河南省某地区医院于1年半时间内收治了鼠伤寒沙门菌胃肠炎 140例，其中78例为医院内感染，占全部病例的55.7%，最短住院时间3天即发病，最长者住院28天后发病，住院3～5天内发病者66例，占 84.6%，这次本病流行的原因是病房在收治患者期间受污染，患者拥挤，陪护率高和消毒隔离制度不严可能是促进因素，由于鼠伤寒沙门菌的宿主广泛，传播途径多，故较易引起流行，患者多为婴儿，1岁半以下患者约占90%。
2、伤寒型
临床症状与轻型伤寒相似，但潜伏期较短，平均为3～10天，病程亦较短，一般为1～2周，而且病情多较轻，热型呈弛张热或稽留热，亦可出现表情淡漠，相对缓脉，偶可发现玫瑰疹，腹泻较多见，肠出血与肠穿孔很少发生，伤寒型偶有以胃肠炎作为前驱表现，在典型的胃肠炎症状后出现伤寒表现，血液中白细胞数减少，血液，大便培养可有病原菌生长，较常引起伤寒型的沙门菌为猪霍乱沙门菌。
3、败血症
此型病例呈散发性，常见于儿童和有慢性疾病的患者，起病多急骤，但亦可缓慢起病，有发热，寒战，出汗及胃肠道症状，热型呈不规则型，弛张热型或间歇热型，高热持续1～3周不等，若有并发症，如化脓性病灶时，则发热可迁延更长时间，甚至达数月之久，或表现为反复急性发作，肝，脾常肿大，偶可见黄疸，谵妄及脑膜刺激征，多数病例的白细胞数都在正常范围，血液培养有病原菌生长，但大便培养常阴性，与伤寒的持续菌血症不同，其病原菌间歇地进入血液循环，最常见的病原菌为猪霍乱沙门菌。
4、局部化脓性感染型
患者过去或入院时有菌血症阶段，在发热阶段或退热后，出现一个或一个以上的局部化脓性病灶，亦可由轻型病例所并发，或在发病前完全没有症状，化脓性病灶可在身体任何部位发生，成为临床的主要表现，支气管肺炎，肺脓肿，胸膜炎，脓胸，心内膜炎，心包炎，肾盂肾炎，关节炎，肋软骨脓肿，肋骨骨髓炎和脑膜炎等较为多见，此外，腮腺炎，睾丸炎，脾脓肿，腹膜腔内脓肿，乳腺脓肿和皮下脓肿等亦有报道，患者的临床表现差异较大，但大多数患者都有一时性体温升高和周围血液白细胞数增多现象，在某些疾患，如镰状细胞贫血等患者，易发生局部化脓性病灶，化脓性病灶较易发生于原已有病变的局部，如血肿，梗死，囊肿，新生物和动脉瘤等，沙门菌性脑膜炎多见于婴儿，尤其是新生儿，临床表现与其他细菌性脑膜炎相似，但病程较长，而且较易复发，病死率可达40%～60%，沙门菌性肺炎多见于老年人，尤其是原有糖尿病，肿瘤，心血管病和慢性肺部疾病的患者，可形成肺脓肿，病死率较高，可达50%，沙门菌感染的四种临床表现类型常不易明确划分，常互相重叠，如胃肠炎可伴发或继发菌血症，败血症型较常并发局部化脓性病灶，此外，沙门菌感染还可表现为急性泌尿生殖道感染，家禽，家畜或野生动物可同时被多种沙门菌感染，而且肉类在加工，贮存，运输和销售等过程中可以互相接触污染，故人类亦可同时被两种或多种沙门菌感染。
