埃博拉病毒病是一种多器官损害的疾病，主要影响肝、脾和肾。潜伏期3～18天，临床主要表现为突起发病，有发热、剧烈头痛、肌肉关节酸痛，时而有腹痛，发病2～3天可出现恶心、呕吐、腹痛，腹泻黏液便或血便，腹泻可持续数天。病程4～5天进入极期，发热持续，出现意识变化，如谵妄、嗜睡。此期出血常见，可有呕血、黑便、注射部位出血、鼻出血、咯血等，孕妇出现流产和产后大出血。病程6～7天可在躯干出现麻疹样斑丘疹并扩散至全身各部，数天后脱屑，以肩部、手心、脚掌多见。重症患者常因出血，肝、肾衰竭或严重的并发症死于病程第8～9天。非重症患者，发病后2周逐渐恢复，大多数患者出现非对称性关节痛，可呈游走性，以累及大关节为主，部分患者出现肌痛、乏力、化脓性腮腺炎、听力丧失或耳鸣、眼结膜炎、单眼失明、葡萄膜炎等迟发损害。另外，还可因病毒持续存在于精液中，引起睾丸炎、睾丸萎缩等。急性期并发症有心肌炎、肺炎等。
EHF暴发流行中有部分无症状感染者，血清存在EBOV IgG，无症状感染者在流行病学上的意义不大，其病毒水平低，感染后在短期内被机体有效的免疫应答清除，炎症反应可于2～3天内迅速消失，从而避免了发热和组织脏器的损伤。
