本病半数以上患者有“急性肾盂肾炎”既往史，实际上不是急性肾盂肾炎，而是慢性肾盂肾炎的首发症状，其后有乏力，间歇性低热，厌食，腰酸，腰痛，季肋部或腹部轻度不适等症状，并伴有尿频，尿急，尿痛等下尿路刺激症状，急性发作表现也时有出现，典型的慢性病变其过程则更为隐匿。
慢性肾盂肾炎临床症状和体征可分为二大类：一是直接与感染有关的表现，另一类是与肾脏受损伤程度和部位有关的表现，直接与感染有关的表现常不明显，比感染和炎症症状更为明显的是由于长期肾小管间质损害，导致的肾脏生理功能紊乱的表现，如高血压，储Na 功能的丧失(表现为失盐性肾病)，尿浓缩功能减退，高钾血症及酸中毒倾向，尽管上述表现在所有肾脏疾病中均有不同程度的存在，但在慢性肾盂肾炎时，生理功能紊乱程度与肾功能衰竭(血肌酐升高)程度不平行，在其他类型肾脏疾病中，血肌酐水平为2～3mg/dl时，其生理功能紊乱很小;而在慢性肾盂肾炎患者，当血肌酐在同样水平时，则已出现多尿，夜尿，高钾血症和酸中毒等表现。
临床上此类病人由于尿浓缩稀释功能受损，特别容易发生脱水，老年患者尤其常见，当此类患者在发生呕吐，腹泻或进食减少时，常易发生血容量降低，休克，肾功能急剧下降(合并肾前性急性肾衰)。
慢性肾盂肾炎多引起肾性高血压，一般认为与患者高肾素血症及一些缩血管多肽的释放和血管硬化，狭窄等病变有关，少数患者切除一侧病肾后，高血压可得以改善，至病程晚期，患者可出现肾小球功能损害，氮质血症直至尿毒症，在小管间质损害的基础上，可出现局灶节段性的肾小球硬化，表现为大量蛋白尿或肾病综合征，这些病人预后差，可进展为终末期肾病。
慢性肾盂肾炎临床表现复杂，容易反复发作，其原因主要是因为有诱发因素的存在和肾盂肾盏黏膜和肾乳头因瘢痕形成而变形，有利于致病菌的潜伏。
另外，由于抗生素的长期应用，使细菌产生耐药性或进入细胞内，细菌在体液免疫或抗生素作用下，细菌胞膜不能形成，在髓质高渗环境下这种以原浆质形式存在的细菌仍有生命力，一旦遇到有利环境便重新生长胞膜并繁殖致病，此即原浆型菌株(L型)，所以，慢性肾盂肾炎被认为是较难根治而逐渐进展的疾病。
