1.胃肠道病变 溃疡性结肠炎的特征是弥漫性浅表黏膜的溃疡，临床上典型地表现为左下腹部痉挛性疼痛，复发性黏液便或脓血便，或表现为腹泻或水样便，易出现脱水，电解质紊乱，中毒性巨结肠，发热，食欲减退，体重减轻，贫血等表现，长期慢性溃疡性结肠炎的患者，特别是儿童患者易发生结肠癌。
Crohn病的特征是出现非干酪样坏死性肉芽肿，临床上典型地表现为右下腹部绞痛，伴有腹泻或便秘，经常有恶心，呕吐，右下腹部肿块，发热，体重减轻，贫血等表现，个别患者可出现肠道狭窄，腹腔内脓肿，腰大肌脓肿，肛周瘘管，肛周脓肿等并发症。
2.眼部病变 炎症性肠道疾病患者中1.9%～23.9%出现眼部损害，主要表现为葡萄膜炎，巩膜外层炎，巩膜炎和角膜炎，此外尚可引起眼眶炎性假瘤，球后视神经炎等。
(1)葡萄膜炎：葡萄膜炎是炎症性肠道疾病最常见的眼部病变，报道有高达17%的炎症性肠道疾病患者发生葡萄膜炎，另报道，溃疡性结肠炎患者中发生葡萄膜炎者约占14%，Crohn病患者中发生葡萄膜炎者约占8%，葡萄膜炎通常发生于肠道病变之后，但在少数患者也可发生于肠道病变之前，葡萄膜炎常累及双眼，但双眼炎症通常是先后出现和交替复发。
虽然炎症性肠道疾病可伴发各种类型的葡萄膜炎，但以前葡萄膜炎最为常见，Crohn病比溃疡性结肠炎更易发生前葡萄膜炎，两种疾病伴发的前葡萄膜炎主要表现为急性非肉芽肿性炎症，但也可出现肉芽肿性炎症，尤其在Crohn病患者较易出现此种类型。
此病伴发的前葡萄膜炎可以是急性炎症，也可以是慢性炎症;可以出现严重的眼红，眼痛，畏光，流泪，检查发现有显著的睫状充血，大量前房炎症细胞和明显的前房闪辉，甚或出现前房内大量纤维素样渗出和前房积脓，在这些严重炎症的患者还可出现黄斑囊样水肿;也可以隐匿发病，表现为轻度至中度的前葡萄膜炎，出现尘状或中等大小的KP，前房炎症细胞( ～ )，前房闪辉( ～ );还可以表现为肉芽肿性前葡萄膜炎，出现羊脂状KP，虹膜Koeppe和Bussuca结节，这些患者易发生虹膜后粘连。
虹膜睫状体炎是炎症性肠道疾病伴发葡萄膜炎的最常见类型，可占85%，主要表现为慢性非肉芽肿性虹膜睫状体炎，隐匿发病，持续时间较长，也有报道在炎症性肠道疾病合并的葡萄膜炎中，60%表现为急性非肉芽肿性虹膜睫状体炎，典型的表现为：
①患者通常有明显的眼痛，畏光，头痛等自觉症状。
②明显的睫状充血。
③前房内易于出现大量纤维素性渗出，前房闪辉明显。
④易发生前房积脓，房角积脓。
⑤KP稍大，有融合倾向。
⑥虹膜结节少见。
⑦易于发生虹膜后粘连。
⑧炎症易于复发。
⑨对糖皮质激素敏感。
⑩多数患者视力预后良好。
眼后段受累可以表现为多种类型的后葡萄膜炎，如脉络膜炎，脉络膜视网膜炎，神经视网膜炎，视网膜血管炎，视盘炎，中间葡萄膜炎，全葡萄膜炎等，在眼前，后段均受累的患者，多表现为肉芽肿性全葡萄膜炎，在上述后葡萄膜炎中，脉络膜炎是炎症性肠道疾病眼后段较为常见的改变，常表现为双侧后极部多灶性黄白色脉络膜浸润，1/8～1/2视盘直径大小，活动期边缘模糊，可发生融合现象，并出现色素增殖和脉络膜瘢痕，荧光素眼底血管造影检查显示早期遮蔽荧光，后期染色，随着病程延长，病灶边界逐渐清晰。
视网膜血管受累表现为血管的栓塞或闭塞和血管炎两种类型，前者在无其他视网膜病变的情况下可单独出现，后者则往往表现为单侧或双侧非对称性的闭塞性动脉炎或静脉炎，临床检查可发现视网膜水肿(毛细血管弥漫性渗漏所造成的)，棉絮斑，血管鞘，血管闭塞，视网膜出血，玻璃体积血，玻璃体内炎症细胞和混浊等改变。
与溃疡性结肠炎相比，Crohn病较易引起视神经病变，可以累及单侧，也可以累及双侧;可为炎症性病变，也可为缺血性损害;可为视盘炎，也可为球后视神经炎;可不留任何后遗症，也可引起视神经萎缩和永久性的视野缺损。
在炎症性肠道疾病所引起的眼后段受累患者中，易出现浆液性视网膜脱离，在一些患者还可引起黄斑囊样水肿。
葡萄膜炎一般发生于肠道病变之后，也即是炎症性肠道疾病发生的平均年龄要小于葡萄膜炎发生的平均年龄，但在少数患者，葡萄膜炎可发生于肠道疾病之前或与其同时发生。
(2)巩膜炎或巩膜外层炎：巩膜受累是炎症性肠道疾病的另一种常见的眼部病变，女性易发生此种眼部病变，可表现为急性巩膜外层炎和急性巩膜炎两种类型，巩膜外层炎累及单侧，也可累及双侧，可以是结节性炎症，也可为弥漫性炎症，巩膜外层炎与肠道病变的活动性有密切的关系，它几乎均见于Crohn病，常于肠道病变出现数年后发生，易发生于有关节炎和其他全身性改变(如贫血，皮肤病变，口腔溃疡，肝胆疾病)的患者，巩膜炎在炎症性肠道疾病患者中的发生率为2.06%～9.67%，可表现为结节性，坏死性或弥漫性，巩膜炎可反复发作，严重者可出现巩膜软化甚或穿孔，也常引起葡萄膜炎，巩膜炎也多见于有关节炎和其他全身性病变的患者，多发于肠道疾病恶化时。
(3)结膜炎：结膜炎也是炎症性肠道疾病的一个常见眼部表现，可同时伴有葡萄膜炎，角膜炎及角膜基质炎。
(4)角膜病变：比较少见，可伴有或不伴有巩膜炎，可表现为两种类型，一种是上皮或上皮下灰白色点状浸润，另一种为上皮下或前基质层出现片状浸润，病变多出现于周边角膜，严重者可引起角膜溃疡。
(5)其他：眼眶炎性假瘤是一个少见的眼部病变，多见于女性;其他尚可出现眼外肌麻痹，眼眶炎，眶蜂窝织炎等。
3.关节炎 关节炎是炎症性肠道疾病的一个常见表现，主要表现为两种类型，一种为周围型关节炎，另一种为骶髂关节炎和脊椎炎。
周围型关节炎通常于肠道病变发生半年至数年后出现，在少数患者关节炎可先于肠道病变或与其同时出现，关节炎多呈急性发作，表现为单关节炎或少关节型关节炎，任何关节均可受累，但以膝，踝关节受累最为常见，关节炎常表现为关节红肿疼痛，可呈游走性，炎症一般持续1～2个月，少数可持续1年以上，一般不遗留永久性的关节损害，关节炎与肠道病变多有密切的相关性，并多见于有其他全身性病变(如皮肤病变，口腔溃疡，葡萄膜炎等)的患者，在溃疡性结肠炎患者，结肠受累者比仅有直肠受累者易发生关节炎，在Crohn病患者，结肠受累者比小肠受累者易发生关节炎。
骶髂关节炎和脊椎炎发生率与周围型关节炎发生率大致相似，其临床表现与强直性脊椎炎所致者相似，其进展与肠道病变无明显的联系，出现此种关节炎的患者多为HLA-B27抗原阳性，易发生葡萄膜炎，尤其易发生急性非肉芽肿性前葡萄膜炎。
4.其他改变
(1)皮肤病变：炎症性肠道疾病所引起的皮肤病变主要表现为两种类型，一种为结节性红斑，另一种为坏疽性脓皮病，这些皮肤病变主要是由小血管的血管炎所引起的。
(2)口腔溃疡：此种疾病也可引起口腔溃疡，但发生率低，约4.9%，表现为疼痛性的口腔溃疡。
