临床表现多种多样，大体上类似于其他的兼性革兰染色阴性杆菌，可表现为皮肤，软组织，呼吸道，泌尿道，中枢神经系统，胃肠道和其他的器官的感染。
1.败血症： 多发生在老人或新生儿中，有时伴有其他细菌混合感染，在成人和儿童中常伴发热，并多有寒战，患者热型不一，可为稽留热，间歇热，弛张热等，可伴低血压或休克，患者多表现为白细胞增多，也有少部分患者表现为白细胞减少，偶尔报道有血小板减少症，出血，黄疸，弥散性血管内凝血者，大多同时有皮肤症状，如紫癜，出血性水疱，脓疱疮等。
2.下呼吸道感染： 患者一般均有严重基础疾病尤以慢性阻塞性肺病及支气管肺癌为多，感染者常已在使用抗生素，并常有各种因素所致的免疫能力低下如使用免疫抑制剂，激素应用，化疗放疗等，诱发因素：以安置呼吸机最多，其他有气管切开，气管插管，胸腔穿刺，动静脉插管，导尿，全身麻醉等，可有发热甚至高热，多有咳痰，痰液可为白色，脓性或带血丝，但在老年人中症状较少甚至无症状，可有呼吸急促，心动过速，感染可以表现为支气管炎，肺炎，肺脓肿，胸腔积液，休克和转移性病灶少见，X线表现不一，可以是叶性，支气管炎性，空隙性或混合性，可以为单叶病变，多叶病变或弥漫性双侧病变等。
3.伤口感染： 常见于烧伤创口，手术切口的感染，随着各种手术的开展，几乎各处都可有该菌感染，尤以胸骨纵隔和脊柱后方相对多见。
4.软组织感染： 在社区中感染的常见形式，如指甲下血肿，摔伤后软组织感染。
5.心内膜炎： 危险度最高的是静脉药瘾者，人工瓣膜术后，心脏手术后患。
6.腹部感染 ： 由于该菌的迁徙或肠道穿孔到达腹膜或其他脏器而发病，目前胃肠源性的感染中该菌渐受重视，尤其在肝移植相关性感染者中更为多见，其他如肝的气性坏疽，急性气肿性胆囊炎和逆行胰胆管造影术后败血症，胆石淤积所致间歇梗阻的急性化脓性胆管炎，不伴腹水或穿孔的继发于小肠梗阻后的腹膜炎等。
7.泌尿道感染： 从无症状性细菌尿到肾盂肾炎均有报道。
8.中枢神经系统感染： 阴沟肠杆菌可引起脑膜炎，脑室炎，脑脓肿等。
9.眼部感染： 眼部手术是常见诱因，白内障手术多在老年人中进行，因而成为此类感染常见原因。
