引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：
临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。① 内痔插枯痔丁或注射疗法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。② 直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿。③ 乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿。④ 局部麻醉感染，或油溶液注入后吸收不良，而形成脓肿。
临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。
