甲状腺结核可分为原发性与继发性两类，继发性居多，甲状腺结核组织的血运丰富，淋巴稠密，组织含氧量高，一般不利于结核杆菌的生长繁殖，但也有人认为，甲状腺组织对结核杆菌有高度免疫性，甲状腺胶质对结核杆菌有拮抗作用，只有当入侵的结核杆菌数量较多，毒力较大，并有机体免疫功能降低和局部抵抗力削弱时，才会发病。
近年研究认为，人类免疫缺陷时肺外结核的患病率明显增加，HIV阳性病人合并结核感染时，其肺外结核的患病率可达到45%～75%，Barner认为，有7%的全身播散性结核可累及甲状腺，原发性甲状腺结核，系指结核病灶局部于甲状腺，而身体其他部位并无结核病灶。
甲状腺结核的发生，多数伴有肺结核病，但临床上可不出现症状，其感染途径主要由血源性感染，大都为粟粒性结核，故甲状腺结核实为全身性结核的局部表现，原发性甲状腺结核极少见，其次感染途径是甲状腺腺体受邻近器官结核病灶的直接波及，再次是通过淋巴道感染，早期淋巴结核通过淋巴道至甲状腺组织。
甲状腺结核的病理类型主要有3种：
(1)急性粟粒型：该型少见，是全身性结核血源播散的一部分，甲状腺腺体密布大小一致，分布均匀的圆形，粟粒大小的灰白色的结核结节。
(2)干酪型：甲状腺结核结节呈干酪样变，坏死，形成寒性脓肿，甲状腺组织纤维化形成脓肿壁，且可与周围组织发生粘连，触诊时有囊性感，有时可溃破成为窦道。
(3)增生型：甲状腺呈结节状肿大，质地较硬，病变由散在的大小不一的增生性，结核肉芽肿构成，其周围有纤维组织增生。
