诊断标准
甲状腺结核缺乏特殊的临床表现，早期诊断不易。
1.初步诊断的依据
即使甲状腺结核缺乏典型的临床症状，亦有一些临床表现可作为初步诊断的依据：
(1)结核中毒症状：如盗汗，食欲减低，体重减轻。
(2)既往有结核病史：如淋巴结核，结核性胸膜炎，肺结核钙化灶，肾结核，骨结核等。
(3)有时可表现为甲亢或甲减。
Wegelin认为，在甲状腺结核的急性期，大量的胶质被正常的甲状组织合成，分泌而造成甲亢，故有甲状腺硬结合并甲亢症状时，应考虑是否有甲状腺结核的可能。
2.确诊依据
现在认为，具备下列3个条件中的2项时，可诊断甲状腺结核：
①在甲状腺组织中找到结核杆菌;
②甲状腺组织切片的病理检查可清楚地见到结核结节，干酪样坏死组织，冷脓肿的形成;
③甲状腺组织以外有原发结核病灶，前二者需要经过FNAC或手术标本的病理切片才能证实。
吴壮宏曾治疗1例甲状腺结核的病人，有甲状腺硬结但无肺结核，多项辅助检查亦未能提示甲状腺结核，直至手术中作冰冻切片检查才做出正确诊断，Huguette等亦有类似的发现，在高度怀疑甲状腺结核的病例，经抗结核药物治疗，包括异烟肼，利福平，乙胺丁醇和吡嗪酰胺等，1个月后甲状腺肿块仍未缩小，手术切除甲状腺肿块后进行病理检查，才证实为甲状腺结核。
鉴别诊断
甲状腺结核临床表现缺乏特异性，加之既往无结核病史，故在未获得病理诊断前，不容易确诊，临床上需要与之鉴别的甲状腺疾病有：
1.亚急性甲状腺炎
本病好发于女性，是病毒感染后引起甲状腺滤泡破裂，胶质溢出造成，病程较长，核素扫描可显示冷结节，难与甲状腺结核鉴别，用甲状腺素或左甲状腺素治疗后症状可缓解，且有自愈的倾向。
2.慢性甲状腺炎
主要是淋巴性甲状腺炎和侵袭性纤维性甲状腺炎，特别是后者可表现硬实的甲状腺结节，不易与增生型甲状腺结核鉴别。
甲状腺癌转移到颈淋巴结而误诊为淋巴结核并不少见，相反，亦有颈淋巴结核与甲状腺癌同时发生，也有些甲状腺结核合并颈淋巴结核，而被误诊为癌肿，Rankin分析21例误诊的甲状腺结核时发现，12例误诊为毒性弥漫性甲状腺，4例误诊为甲状腺腺瘤，4例误诊为慢性甲状腺炎，1例误诊为甲状腺囊肿并出血，高方报道的6例甲状腺结核均在手术前皆被误诊，其中误诊为甲状腺瘤4例，甲状腺癌1例，急性化脓性甲状腺炎1例。
