先天性食管过短(15%)：
先天性食管过短可能系左或右侧胸-腹膜缺口闭合较迟，使食管下端未能固定所致。再则，先天性短食管症所伴发的部分胃无浆膜，其血管来自胸主动脉，且从未位于腹腔内正常位置，与真正的食管裂孔疝有别。
食管发育(20%)：
部分胃移至膈上，食管长度比正常短，不能维持胃在膈肌下的正常解剖位置。胃的血供直接从胸主动脉分支供给。胃前侧没有袋形摺叠的腹膜向上突入膈上。膈裂孔的腹膜解剖关系是正常的。
后天性短食管(25%)：
后天性短食管是食管继发性缩短，由于横膈裂孔增大，引起胃上部穿越增大的裂孔进入胸腔，位于胸内的部分胃仍覆盖着浆膜，血管源于腹腔，后天性食管过短可继发于炎症性食管纤维化，先天性胃疝的反流，食管溃疡等。
发病机制
内食管过短也系一种先天性食管过短，从外表看，食管长度似乎正常，横膈食管裂孔亦无异常，贲门位于腹腔原来位置，但这种异常是食管下部，从贲门到中1/3 食管被灰色的黏膜遮盖，组织学证实为胃黏膜组织，其皱襞属胃皱襞，并具有分泌盐酸及胃蛋白酶的腺管，因此，内食管过短纯属黏膜缩短或食管内腔缩短。
