婴儿进食太少时，消化后液体吸收，余渣少，致大便减少，变稠，奶中糖量不足时肠蠕动弱，可使大便干燥，饮食不足时间较久引起营养不良，腹肌和肠肌张力减低甚至萎缩，收缩力减弱形成恶性循环，加重便秘。
如食物中含大量蛋白质而碳水化合物不足，肠道菌群对肠内容物发酵作用减少，大便易呈碱性，干燥。如食物中含较多的碳水化合物，肠道发酵菌增多，发酵作用增强，产酸多，大便易呈酸性，次数多而软；如食入脂肪和碳水化合物都高，则大便润利。
生活不规律和不按时大便，未形成排便的条件反射导致便秘很常见，常用泻剂或灌肠，缺少体力活动，或患慢性病如营养不良，佝偻病，高钙血症，皮肌炎，呆小病及先天性肌无力等，都因肠壁肌肉乏力，功能失常而便秘，交感神经功能失常，腹肌软弱或麻痹也常使大便秘结，服用某些药物可使肠蠕动减少而便秘，如抗胆碱能药物，抗酸药，某些抗惊厥药，利尿剂以及铁剂等。
如肛门裂，肛门狭窄，先天性巨结肠，脊柱裂或肿瘤压迫马尾等都能引起便秘，应进行肛门，下部脊柱和会阴部检查，有的患儿生后即便秘，如有家族史可能和遗传有关。
小儿受突然的精神刺激，或环境和生活习惯的突然改变也可引起短时间的便秘。
发病机制
1.有意识的抑制排便
可使排便刺激消失，粪便因此变干，排便痛苦，这种情况又可进一步抑制排便，随意抑制排便的原因可有：小儿过于贪玩，无时间排便；害怕上课迟到，不敢花时间排便；或上课时不敢请老师允许去厕所；或不知道厕所的位置和方向，住院患儿有排便意图可能不为医护人员知道；4岁以上的小儿可能希望单独入厕；长途旅行时排便规律常被打乱；远离熟悉的家，对陌生的环境感到焦虑不安，不能习惯那里的厕所，凡此种种，训练小儿排便习惯期间，使他学会根据主观愿望排出大便或憋回去，从此小儿即根据自己的意志行事，惩罚，不愉快和强制性排便训练，可使小儿反应性憋住大便和拒绝合作。
2.滥用栓剂，泻药和灌肠。
3.脊髓病变
脊髓在排便中枢以上部位遭受阻断时，即失去随意控制大便的能力，排便成为反射动作，如排便中枢遭受破坏，直肠感觉全部丧失，形成大便失禁，正常直肠的节制是通过肛门内括约肌(反射性控制)和肛门外括约肌(反射性和随意性控制)的动作共同承担的 ，只有在支配外括约肌的体神经受损才发生直肠失禁，这种情况下，充盈的直肠只靠内括约肌的反射性舒张来排空，外括约肌失去随意动作和反射动作导致直肠失禁，可见于脊髓横断伤，脑脊膜膨出，脊髓发育不良，脊髓纵裂和脊髓肿瘤等。
