本病主要由感染引起，以病毒感染为多，其中最重要的是柯萨奇B病毒，占病原体的一半以上，目前已分离到B3，B4，B5等型，ECHO，巨细胞病毒，风疹，水痘和腺病毒亦可致该病，新生儿室内的流行，常由柯萨奇，ECHO病毒所致，而巨细胞病毒，风疹，水痘病毒多见于母妊娠期引起胎儿宫内感染，往往在新生儿早期即可发病。
细菌，螺旋体，立克次体，真菌，原虫等也可为该病之病原，引起心肌炎的病毒感染可发生在宫内，产时或生后，孕妇宫内感染时，病毒可通过胎盘传播给胎儿，本病可在婴儿室，母婴同室及产科发生暴发流行，病情严重，病死率高。
发病机制
新生儿心肌炎的病理变化可轻重不等，心脏扩大，外观苍白，电镜下可见心肌炎，心包炎，心瓣膜多正常，心肌由淋巴细胞，大单核细胞，嗜酸性和中性粒细胞浸润，多密集呈斑点状，后期常有心肌纤维局限性退行性变及坏死，除心肌损害外，脑，肝细胞也常可累及。
