本病最可靠的诊断方法是用Giemsa染色，在肥大细胞内显示异染颗粒，在斑疹损害，肥大细胞类似成纤维细胞，更要注意作特殊染色,以免漏诊。
在结节型或红皮症型，则类似在Letterer-Siwe病或嗜酸性肉芽肿中所见到的朗格汉斯细胞，同时这三个病容易混淆，但本病无侵犯表皮的倾向，此点与Lettere-Siwe病不同，然而主要还是靠特殊染色及结合临床表现与这些疾病区别，才较可靠此外，在临床上还有很多疾病可能与色素性荨麻疹混淆，色素沉着斑可以误诊为色素痣或雀斑，而黄色瘤及幼年性黄色肉芽肿可以与本病之丘疹与结节型相混，此外尚需与丘疹性荨麻疹鉴别，有时将本病误为药疹，在大疱型者应排除虫咬症之大疱及大疱性荨麻疹，多形红斑也要加以区别，广泛的大疱性损害还要考虑有无白血病的可能，此时活检更为重要。
急性发作时，特别是有反复发作史者，由于释放组胺后可出现肥大细胞综合征，与类癌综合征有相似之处。
