应与各种出疹性传染病，病毒感染，急性淋巴结炎，类风湿病以及其它结缔组织病，病毒性心肌炎，风湿炎心脏炎互相鉴别。
本症与猩红热不同之点为：
①皮疹在发病后第3天才开始；
③好发年龄是婴幼儿及较小儿童时期；
④青霉素无疗效。
本症与幼年类风湿病不同之处为：
①发热期较短，皮疹较短暂；
②手足硬肿，显示常跖潮红；
③类风湿因子阴性。
与渗出性多形红斑不同之点为：
①眼，唇，无脓性分泌物及假膜形成；
②皮疹不包括水疱和结痂。
与典型结节性动脉周围炎（Kussmaul-Maier型）的症状有很多相似之处，但MCLS的发病率较多，病程产短，预后较好，区别之点如下：①后者的血管炎显示明显的类纤维样坏死（fibrinoide necrosis），而MCLS则少见这种坏死性变化或仅有轻微变化；②典型的结节性动脉周围炎难得涉及肺动脉。
与系统性红斑狼疮不同之处为：
①皮疹在面部不显著；
②白细胞总数及血小板一般升高；
③抗核抗体阴性，
④好发年龄是婴幼儿及男孩多见。
与婴儿型结节性多动脉类与出疹性病毒感染的不同点为：
①唇潮红，干裂，出血，呈杨梅舌；
②手足硬肿，常跖潮红及后期出现指趾端膜状脱皮；
③眼结膜无水肿或分泌物；
④白细胞总数及粒细胞百分数均增高，伴核左移；
⑥血沉及C反应蛋白均显著增高。
与急性淋巴结炎不同之点为：
①颈淋巴结肿大及压痛较轻，局部皮肤及皮下组织无红肿；②无化脓病灶。
与病毒性心肌炎不同之处为：
①冠状动脉病变突出；
②特征性手足改变；
③高热持续不退。
与风湿性心脏炎不同之处为：
①冠状动脉病变突出；
②无有意义的心脏杂音；
③发病年龄以婴幼儿为主。
