临床上主要依靠痰液或防污染毛刷经纤维支气管镜在下呼吸道取材或进行支气管肺泡灌洗(BAL)，取灌洗液作细菌定量培养及鉴定才能确诊，患者若有化脓性肺炎表现，且有鼻饲营养治疗等侵入性操作史，临床上经用青霉素或头孢类抗生素治疗无效，应考虑肠球菌肺炎的可能，并进一步作病原学检查，肠球菌肺炎应与其他化脓性细菌引起的肺炎相鉴别，主要依靠病原学检查。
肠球菌肺炎患者症状和体征对病原学诊断无特殊帮助，临床上主要依靠防污染毛刷经纤维支气管镜在下呼吸道取材或进行支气管肺泡灌洗(BAL)取灌洗液作细菌定量培养及鉴定才能确诊，患者若有化脓性肺炎表现，且有鼻饲营养治疗等侵入性操作史，临床上经用青霉素或头孢类抗生素治疗无效，应考虑肠球菌肺炎的可能，并进一步作病原学检查，肠球菌肺炎应与其他化脓性细菌引起的肺炎相鉴别，主要依靠病原学检查。
