根据临床表现可作出NTM性角膜炎的临床诊断，病因诊断须依靠实验室检查。临床上对有眼部外伤或手术史,角膜感染表现为一处或多处、边界清楚或呈放射状、羽毛状的灰白色浸润,结晶样角膜病变(雪花样或破碎的挡风玻璃样改变),多个卫星灶,角膜后弹力层放射状皱褶、糊状角膜后沉着物等应高度怀疑,并做涂片抗酸染色、细菌培养,有条件的实验室还可行PCR、核酸杂交技术和直接核酸测序等。
鉴别诊断：
有些患者在感染早期可表现为角膜基质内细小线样混浊(毛玻璃样外观)，逐渐发展成为基质环形浸润，钱币形角膜炎以及感染性结晶样角膜病变等，当角膜病变呈线状或树枝状，并伴有上皮性角膜溃疡时应注意与单纯疱疹性角膜炎相鉴别;对于无痛性角膜溃疡以及角膜脓肿应与厌氧菌性以及真菌性角膜溃疡相鉴别，鉴别主要根据临床表现及实验室检查。本病易误诊为真菌性角膜炎、棘阿米巴角膜炎、单纯疱疹病毒性和其他细菌性角膜炎,尤其是真菌性角膜炎,但后者以农作物等植物外伤常见,多表现为1个主浸润灶周围出现多个小卫星灶,可有基质层伪足,周围可有免疫反应环,角膜共焦生物显微镜检查可见真菌菌丝。角膜刮片取材直接涂片抗酸染色镜检、细菌培养、PCR等检查有助于鉴别诊断。
