典型的病例在诊断上比较容易，但有一些病人可能因穿孔较小，表现并不典型，如腹痛部位比较局限，肌紧张程度及膈下积气不明显等，此时需结合病史排除其他相似疾病后作出诊断，在腹腔渗液较多时，还可通过腹腔穿刺抽液作涂片镜检，若找到食物残渣可协助诊断。
鉴别诊断
在诊断溃疡穿孔时应注意与急性阑尾炎，急性胰腺炎，胆囊炎等外科疾病鉴别。
1.急性阑尾炎
转移痛是其典型表现，但有时与胃穿孔胃内容物向右下腹部扩散难以区别，阑尾炎的病变位于右下腹，所以其固定的压痛点在右下腹部，多形成局限性腹膜炎，胃穿孔病人则上，下腹都有压痛，且以上腹痛为显著，腹膜刺激征比阑尾炎弥漫，肛门指诊有时可在直肠右侧触及压痛，也有助于阑尾炎的诊断。
2.急性胰腺炎
腹痛可在上腹偏左，向后背放射，有时可能与溃疡穿孔难以区别，应作血，尿淀粉酶测定，溃疡穿孔虽也可有淀粉酶升高，但多为中等度增高，若超过700Somogyi单位则可排除溃疡病穿孔，同时还可行腹腔穿刺抽液测淀粉酶，胰腺炎时穿刺液往往呈棕色，内无食物残渣，X线检查胰腺炎无膈下游离气体。
3.胆囊炎
右上腹痛向右肩背放射，可触及肿大的胆囊，B超常可发现胆囊炎或合并的胆结石，膈下无游离积气，此外，还要与胸膜炎，宫外孕等疾病鉴别。
