本病的诊断主要依靠实验室检查，找到病原体才能证实，因此，对临床表现怀疑本病的病例，应及时进行多途径检查。
肺部奴卡菌病应注意与各型肺结核，肺部真菌病，细菌性脓肿及肿瘤相鉴别，皮肤奴卡菌病需要与孢子丝菌病，皮肤结核和放线菌性足菌肿相鉴别，脑奴卡菌病应与脑部肿瘤，细菌性脑脓肿等脑占位性病变相鉴别，播散性奴卡菌病的鉴别诊断较复杂，关键在于警惕本病。
