对急，慢性腹泻病因不明，按细菌性痢疾治疗无效者，应考虑原虫性腹泻的可能性，若患者有与猪密切接触，则应高度警惕本病存在，粪便或肠黏膜组织活检发现本虫滋养体或包囊即可确诊，结肠小袋纤毛虫可在多种溶组织内阿米巴培养基中生长，必要时可取新鲜粪便进行培养帮助诊断。
本病须与阿米巴痢疾，细菌性痢疾，梨状鞭毛虫病，非特异性溃疡性结肠炎，肠结核等病相鉴别。
