结肠小袋纤毛虫感染后多数人并无症状，发病者不足1/5，临床表现可分为急性和慢性两型。
1.急性型： 起病急骤，腹泻明显，每天数次或十余次，严重者可达数十次之多，大便有黏液或脓血，但多无阿米巴痢疾的腥臭味，腹痛常见并伴有里急后重，脐周或双下腹有压痛，患者多有不规则发热，恶心呕吐，乏力及食欲减退，严重患者可导致脱水，营养不良及消瘦，偶可导致肠穿孔，本型病程较短，往往不治自愈。
2.慢性型： 起病隐匿，以反复发作的腹泻为主要表现，病程可长达数月至数年，并呈周期性发作，常因劳累，受凉，饮酒或进食脂肪食物而诱发，大便每天数次，多为糊状或水样，有黏液但脓血少见，少数患者表现为腹泻与便秘交替，患者多伴有腹胀，阵发性腹痛，肠鸣音活跃，双下腹压痛等，病程长者可有消瘦，贫血，体重下降，易激动，失眠等。
